• RNA-seq分析


    cuffdiff:

      cuffdiff的输入

        1. bam文件

        2. control和treat两组样本。每组可包含一个或多个样本。

            若执行:cuffdiff  c1,c2,c3   t1,t2,t3,则得到1个差异列表。

            若分别执行:cuffdiff c1 t1  cuffdiff c2 t2  cuffdiff c3 t3,则得到3个差异列表。

            比如,造模组造了3只小鼠,每只小鼠分别取样做RNA-seq;同样,对照组也做类似处理。(这是生物学重复)。

    cuffquant得到一个.cxb的二进制文件。

    cuffnorm

      

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/zypiner/p/11714011.html
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