.Download
1.American Mineralogist Crystall Structure Database ： http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
下载AMC文件——导入Vesta，导出VMD支持文件，如pdb文件——导入VMD三种方式：1.pdb文件直接拖到display视图窗口；2.直接拖到VMD Main页面；3.File>New Molecule>browse>load
二.建晶胞
1.从上一步中找出晶格参数如下图：
2.VESTA中扩成 nxnxn ——导出pdb
3.VMD以生成的pbd为基础建模，移动，加水，合成一个整体，加个盒子并导出data
3.1选择模型移动并写出移动后的pdb
3.2.加水
（见我另一条博客）
3.3.合并各部分pdb并写出模型pdb
#打开另一个文件，并叠加到第一个文件结构上：mol addfile filename.pdb
3.4.建立晶格(盒子）及周期性
pbctools : https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/
pbc set {a b c} 或 pbc set {a b c alpha bata gamma} 【手动定义盒子，需要上一步晶格参数】 pbc box –on【显示盒子#也可不显示】 pbc box -center origin【设定盒子的中心位置为{0 0 0}，而默认的盒子{0 0 0}点在盒子角上】 pbc wrap –all【将粒子折回盒子内】 pbc wrap -shiftcenterrel {-0.5 -0.5 -0.5}我们希望wrap后坐标的中心在{0 0 0}处，然而，默认情况下，wrap的中心在{L/2 L/2 L/2}处，所以我们要将其平移回来！ pbc box -center origin -style tubes -width 1 -color gray【设置盒子中心，线性，线宽， 颜色】 pbc join res -border 5 【接上由于pbc导致的盒子边界处的断键】
3.5.盒子也需要保存
3.6.定义生成文件位置并写出data文件
（见我另一条博客）缺键，角，键长等信息，需要手动添加
（老师说可以vmd生成psf文件，来补全信息。具体因为个人电脑原因还没操作）
