说起软件系统的层次结构，众说纷纭。不过，许多人都认为传统的C/S结构是两层结构——数据库服务器是一层，客户端应用程序是一层。从这一点来说，B/S结构可认为是三层结构——数据库服务器层、WEB应用服务器层和客户端浏览器一层。
但由于B/S结构的应用，开发者主要精力都集中在WEB应用服务器层，因此对这一层又进行了划分。在Duwamish 7.0中，提供了SystemFramework、Common、DataAccess、BusinessRules、BusinessFacade和web六个项目，每个项目都可认为是一层。但现在更流行的划分是三层数据访问层(Data Access Layer)、商务逻辑层(Business Logic Layer)和表现层(Representation Layer)。数据访问层直接访问和操作数据库，商务逻辑层调用数据访问层，表现层调用商务逻辑层。
表现层有的也叫用户接口层(User Interface Layer)，意思是与用户直接进行交互的。在B/S开发中，表现层也有人叫做web层的。
在.Net PetShop 4.0中，有二十个左右的项目。这些项目有些直接是以层次的名称命名的，例如BLL；有些是以层次的名称作为后缀来命名的，如SQLProfileDAL、SQLServerDAL、OracleProfileDAL和OracleDAL等；有些项目包含了一些接口，以I为前缀；有些项目使用工厂模式，以Factory为后缀。不过总体上，还可以将其划分为三层结构。
比较Duwamish7.0与PetShop 4.0，后者项目众多，但使用工具生成的代码很少。而Duwamish7.0中的Common和DataAccess中的文件主要都是使用代码生成器产生的。当数据库的表结构更改后，使用代码生成器产生的代码通常要重新产生，因次如果对这两个项目中的代码做了手工的改动，在重新生成代码时，改动的代码将会丢失。而且Duwamish7.0对数据库的支持不容易扩充，如果想把数据库移到Oracle中，要改很多的代码。但在PetShop 4.0中，只是更改配置文件web.config。