C++使用htslib库读入和写出bam文件

  有时候我们需要使用C++处理bam文件，比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列，根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等，这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件，是samtools、bcftools的核心库。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <htslib/sam.h>

using namespace std; 

#define bam_is_read1(b) (((b)->core.flag&BAM_FREAD1) != 0)

uint8_t Base[16] = {0,65,67,0,71,0,0,0,84,0,0,0,0,0,0,78};

int main(int argc, char **argv)
{
    bam_hdr_t *header;
    bam1_t *aln = bam_init1();

    samFile *in = sam_open(argv[1], "r");
    htsFile *outR1 = hts_open(argv[2], "wb");
    header = sam_hdr_read(in);
    if (sam_hdr_write(outR1, header) < 0) {
        fprintf(stderr, "Error writing output.
");
        exit(-1);
    }
    uint8_t *seq;
    int32_t lseq;
    uint32_t *cigar;
    char* qname;
    while (sam_read1(in, header, aln) >= 0) {
        if (bam_is_read1(aln)){
            sam_write1(outR1, header, aln);
        }
        else {
            seq = bam_get_seq(aln);
            lseq = aln->core.l_qseq;
            qname  = bam_get_qname(aln);
            printf("%s
",qname);
            cigar = bam_get_cigar(aln);
            for(int i=0; i < aln->core.n_cigar;++i){
                int icigar = cigar[i];
                printf("%d%d
",bam_cigar_op(icigar),bam_cigar_oplen(icigar));
            }
            for(int i=0; i < lseq;++i){
               printf("%c", Base[bam_seqi(seq, i)]);
            }
            printf("
");

        }
    }
    sam_close(in);
    sam_close(outR1);
}

cigar值存储形式

32位int，通过bam_get_cigar获得地址，aln->core.n_cigar返回cigar operation的个数

• 低 4位存储cigar operation；通过函数bam_cigar_op()获得operation
  
• 高28位存储cigar值的长度；通过函数,bam_cigar_oplen获得
  

seq存储形式

8位int，4位存储一个碱基，1,2,4,8,15分别代表A、C、G、T、N，高四位存储坐标数较小的碱基，可通过bam_seqi(seq,i)遍历。

参考资料

htslib sam.h文件:https://github.com/samtools/htslib/blob/develop/htslib/sam.h
htslib sam文件格式说明:https://github.com/samtools/hts-specs/blob/master/SAMv1.pdf