在Prefuse上摸打滚爬了一段时间，发现其和蔼可亲，容易上手。但是每每在打开gephi，导入数据再运行时，总还是在心里暗自赞叹gephi的绚烂之极，无与匹敌，当然，gephi也有自己的缺陷，但是gephi是一个在发展的、进步的、不断壮大的开源软件。纵使她曾经那般伤我，我仍是对其恋恋不舍，好吧，我已经病入膏肓。。。。。
言归正传，Gephi是一款开源免费跨平台基于JVM的复杂网络分析软件, 其主要用于各种网络和复杂系统，动态和分层图的交互可视化与探测开源工具。可用作：探索性数据分析，链接分析，社交网络分析，生物网络分析等。因为Gephi是开源软件，所以可以获取其源码，允许开发者去扩展和重复使用。
Gephi开发平台：Netbeans平台（因为之前对于这句话理解不深，在eclipse环境下浪费了不少时间）
开发语言：Java
可视化引擎：OpenGL
Gephi官网： http://gephi.github.io/
Gephi的视频介绍： http://v.youku.com/v_show/id_XMjU5MDUwMjg4.html
Gephi API帮助文档：https://gephi.org/docs/api/
Gephi Toolkit： http://gephi.github.io/toolkit/
Gephi 论坛： https://forum.gephi.org/
贴上gephi做的两张图：
现在，我们就深入Gephi，好好了解下这个strong visual tool，这次我们不走源码，作为过来人，我还是想提醒下，如果java功底不是很扎实或是不太熟悉Netbeans开发平台以及Swing编程知识的可以走曲线，接近Gephi，否则会让自己焦头烂额，越陷越深，不可自拔^_^。下面通过一个实例，讲解如果新建一个Gephi实例，进行可视化展示：
(1)创建一个project、一个workspace，这是必做的工作，是进行后续操作的前提：
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//Init a project - and therefore a workspaceProjectController pc = Lookup.getDefault().lookup(ProjectController.class);pc.newProject();Workspace workspace = pc.getCurrentWorkspace(); |
（2）得到该空间的各个模型以及控制器，方便后面使用：
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//Get models and controllers for this new workspace - will be useful laterAttributeModel attributeModel = Lookup.getDefault().lookup(AttributeController.class).getModel();GraphModel graphModel = Lookup.getDefault().lookup(GraphController.class).getModel();PreviewModel model = Lookup.getDefault().lookup(PreviewController.class).getModel();ImportController importController = Lookup.getDefault().lookup(ImportController.class);FilterController filterController = Lookup.getDefault().lookup(FilterController.class);RankingController rankingController = Lookup.getDefault().lookup(RankingController.class); |
（3）导入数据，使用Container接收，并将数据导入到空间中：
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//Import file Container container;try { File file = new File(getClass().getResource("/org/gephi/toolkit/demos/resources/polblogs.gml").toURI()); container = importController.importFile(file); container.getLoader().setEdgeDefault(EdgeDefault.DIRECTED); //Force DIRECTED} catch (Exception ex) { ex.printStackTrace(); return;} //Append imported data to GraphAPIimportController.process(container, new DefaultProcessor(), workspace); |
（4）通过打印信息，验证图形数据是否导入成功：
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//See if graph is well importedDirectedGraph graph = graphModel.getDirectedGraph();System.out.println("Nodes: " + graph.getNodeCount());System.out.println("Edges: " + graph.getEdgeCount()); |
（5）对图形数据进行过滤操作：
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//Filter DegreeRangeFilter degreeFilter = new DegreeRangeFilter();degreeFilter.init(graph);degreeFilter.setRange(new Range(30, Integer.MAX_VALUE)); //Remove nodes with degree < 30Query query = filterController.createQuery(degreeFilter);GraphView view = filterController.filter(query);graphModel.setVisibleView(view); //Set the filter result as the visible view |
（6）通过打印信息，验证过滤操作是否起作用：
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//See visible graph statsUndirectedGraph graphVisible = graphModel.getUndirectedGraphVisible();System.out.println("Nodes: " + graphVisible.getNodeCount());System.out.println("Edges: " + graphVisible.getEdgeCount()); |
（7）执行YifanHuLayout布局算法：
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//Run YifanHuLayout for 100 passes - The layout always takes the current visible viewYifanHuLayout layout = new YifanHuLayout(null, new StepDisplacement(1f));layout.setGraphModel(graphModel);layout.resetPropertiesValues();layout.setOptimalDistance(200f);layout.initAlgo(); for (int i = 0; i < 100 && layout.canAlgo(); i++) { layout.goAlgo();}layout.endAlgo(); |
（8）根据节点度值分配节点颜色：
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//Rank color by DegreeRanking degreeRanking = rankingController.getModel().getRanking(Ranking.NODE_ELEMENT, Ranking.DEGREE_RANKING);AbstractColorTransformer colorTransformer = (AbstractColorTransformer) rankingController.getModel().getTransformer(Ranking.NODE_ELEMENT, Transformer.RENDERABLE_COLOR);colorTransformer.setColors(new Color[]{new Color(0xFEF0D9), new Color(0xB30000)});rankingController.transform(degreeRanking,colorTransformer); |
（9）分配节点大小：
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//Rank size by centralityAttributeColumn centralityColumn = attributeModel.getNodeTable().getColumn(GraphDistance.BETWEENNESS);Ranking centralityRanking = rankingController.getModel().getRanking(Ranking.NODE_ELEMENT, centralityColumn.getId());AbstractSizeTransformer sizeTransformer = (AbstractSizeTransformer) rankingController.getModel().getTransformer(Ranking.NODE_ELEMENT, Transformer.RENDERABLE_SIZE);sizeTransformer.setMinSize(3);sizeTransformer.setMaxSize(10);rankingController.transform(centralityRanking,sizeTransformer); |
（10）预览效果配置，并呈现到Display上，添加到JFrame，进行界面话展示：
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//PreviewPreviewController previewController = Lookup.getDefault().lookup(PreviewController.class); model.getProperties().putValue(PreviewProperty.SHOW_NODE_LABELS, Boolean.TRUE);model.getProperties().putValue(PreviewProperty.EDGE_COLOR, new EdgeColor(Color.GRAY));model.getProperties().putValue(PreviewProperty.EDGE_THICKNESS, new Float(0.1f));model.getProperties().putValue(PreviewProperty.NODE_LABEL_FONT, model.getProperties().getFontValue(PreviewProperty.NODE_LABEL_FONT).deriveFont(8));previewController.refreshPreview(); //New Processing target, get the PAppletProcessingTarget target = (ProcessingTarget) previewController.getRenderTarget(RenderTarget.PROCESSING_TARGET);PApplet applet = target.getApplet();applet.init();//Refresh the preview and reset the zoompreviewController.render(target);target.refresh();target.resetZoom();//Add the applet to a JFrame and displayJFrame frame = new JFrame("Test Preview");frame.setLayout(new BorderLayout()); frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);frame.add(applet, BorderLayout.CENTER); frame.pack();frame.setVisible(true); |
控制台打印信息为：
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# Nodes loaded: 1490# Edges loaded: 19025Nodes: 1490Edges: 19025Nodes: 397Edges: 10599 |
执行的结果如下图所示：
了解Prefuse的API以及创建一个Prefuse应用的思路详见《漫谈可视化Prefuse（二）---一分钟学会Prefuse》，再回首看Gephi Toolkit创建gephi应用的思路也是如出一辙，后续有时间将继续Gephi Toolkit之旅！
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本文链接：《Gephi可视化（一）——使用Gephi Toolkit创建Gephi应用》
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