u盘文件系统主要有FAT32、NTFS两种
● FAT32文件系统
FAT32使用4个字节（也就是32位）的空间来表示每个扇区(Sector)配置文件的情形，故称之为FAT32。FAT16的分区容量上限是2047MB，而FAT32的分区容量下限是512MB，不同操作系统的上限不同，例如Win2000最大支持32GB FAT32分区，而WinXP最大可达2TB FAT32分区。
FAT32相比FAT16，优点如下：
可支持大于2GB的分区。最大可达2TB，即便是目前最大容量的硬盘都能支持，更别说U盘了； 空间利用率更高。FAT32采用了更小的簇，可以更有效率的保存数据，比如两个分区大小都为2GB，一个分区采用了FAT16文件系统，另一个分区采用了FAT32文件系统。采用FAT16的分区的簇大小为32KB，而FAT32分区的簇只有4KB的大小。这样在存储碎文件时FAT32就比FAT16的存储效率要高很多，通常情况下可以提高15%。 安全新更好。FAT32文件系统可以重新定位根目录和使用备份副本。另外FAT32分区的启动记录被包含在一个含有关键数据的结构中，减少了计算机系统崩溃的可能性。 灵活性更高。FAT32分区上的根文件夹是普通的簇链，因此它可以位于驱动器上的任何位置。以前对根文件夹数量的限制不复存在。此外，可以禁用文件分配表镜像，这样就可以让文件分配表的副本而不是让第一个文件分配表处于活动状态。这些功能允许您动态重调FAT32分区的大小。不过要注意，虽然FAT32的设计允许这一功能，但微软自己的分区软件不支持此功能，需要使用第三方分区软件。
使用FAT32格式化2GB U盘，簇更小
● FAT32的缺点
虽然对于最大分区容量的支持上面，FAT32 2TB最大分区的容量时至今日仍不过时，但FAT32只能存储最大4GB的单个文件，所以FAT32无法存放光盘ISO镜像、高清视频、各种图形作品文件等等，这是其致命的弊端。
● NTFS文件系统
NTFS(New Technology File System)是Windows NT核心和高级服务器网络操作系统环境的文件系统。NTFS的目标是提供比FAT32更高的可靠性，并消除FAT文件系统中的种种限制。
NTFS文件系统除了支持更大的分区、更大的文件、更节约硬盘空间外，还提供了FAT文件系统不敢想像的众多功能。主要有：长文件名、压缩分区、事件追踪、文件索引、高容错性、数据保护和恢复、加密访问……
NTFS支持大于4GB的文件
由于NTFS分区已经成为目前电脑磁盘的绝对主流格式，XP、vista、Win7默认都会将分区格式化为NTFS系统，因此关于NTFS的种种优势和特性就没必要多做强调了，可以说NTFS是目前最好的磁盘文件系统，但为什么U盘和各种存储卡很少使用NTFS文件系统呢？
● NTFS在闪存上的缺陷
NTFS虽然有诸多优点，但这些都是针对传统机械硬盘而设计的，对于新兴的Flash闪存材料不一定适用。NTFS分区是采用“日志式”的文件系统，因为要记录磁盘的详细读写操作，对U盘这种快闪存储介质会造成较大的负担，比如同样存取一个文件或目录，在NTFS系统上的读写次数就会比FAT32来得多，理论上NTFS格式的U盘比较容易损坏，而且400MB以下的分区也比FAT16更浪费空间。
NTFS这些额外的功能无论对SSD硬盘和U盘都会造成不同程度的伤害，因此新一代Windows 7操作系统专门针对SSD进行优化，通过各种手段减少读写次数和碎片的产生。而对于神州U盘来说，本身USB的带宽就有限，NTFS文件系统频繁读写占据通道会让磁盘性能降低，为此微软专门针对移动存储设备开发了ExFAT文件系统。