align是仅仅是存在而已,比如在第一个位置上,query是A,而subject上是T,也是align上了
而没有align是指并不存在,比如在第一个位置上,query是A,而subject上是没有,这就是没有align上
可见下图中粉色部分,粉色区域就是align上的部分
与align相对应的rate就是cover_rate也就是align_rate,align_rate是【粉色部分/target gene的length(也就是OPN1sw2_gal的length)】
mismatch是存在但是序列单个值不一样,比如在第一个位置上,query是A,而subject上是T,则是mismatch
match是存在且序列单个值也一样,比如在第一个位置上,query是A,而subject上是A,则是match,
与match相对应的rate就是identify,是用match_len/align_rate,也就是说,align是match的前提