• 乙醇脱氢酶力场文件的处理(含ZN,NAD,乙醇)


    很多蛋白质在行驶生物催化反应(如ATP水解,氨基酸的乙酰化,CoA的去乙酰化,甲基化等等)都需要金属离子(Mg,Zn,Ca等等)的参与,换句话说,金属离子对蛋白功能是必须的。模拟金属酶体系,现在也是分子动力学中的热点及难点,尤其现在结合量子力学与分子力学的方法(QM/MM)更是前言。以Amber为例

    1.金属的参数文件(在amber中不包括):

    (1)Ca离子的

    0 0 2

    Calsium Ion
    CAL
    CAL INT 1
    CORR OMIT DU BEG
    0.000000
    1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.0000 0.0000 0.0000 0.000
    2 DUMM DU M 1 0 -1 1.0000 0.0000 0.0000 0.000
    3 DUMM DU M 2 1 0 1.0000 90.0000 0.0000 0.000
    4 C0 C0 M 3 2 1 1.0000 90.0000 180.0000 2.000

    DONE
    STOP

    (2)Zn离子的

    0 0 2

    Zinc Ion
    ZIN
    ZIN INT 1
    CORR OMIT DU BEG
    0.000000
    1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.0000 0.0000 0.0000 0.000
    2 DUMM DU M 1 0 -1 1.0000 0.0000 0.0000 0.000
    3 DUMM DU M 2 1 0 1.0000 90.0000 0.0000 0.000
    4 Zn Zn M 3 2 1 1.0000 90.0000 180.0000 2.000

    DONE
    STOP

    2.NAD力场

    在Amber中有现成的:http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber

    用NAD+.frcmod和NAD+.lib在tleap中生成NDP.pdb (NAD+.frcmod和NAD+.lib以NDP为名生成的)

    然后按照NDP.PDB中的原子类型修改自己的PDB,与力场中的相一致。

    3.乙醇的立场

    按照教程http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/生成ETF.frcmod和ETF.lib

    4. 整合

    Amber脚本注入:

    source leaprc.gaff //载入小分子立场

    source leaprc.ff99SB //载入蛋白立场文件
    loadamberparams ETF.frcmod //载入乙醇分子的参数文件
    loadoff ETF.lib //载入乙醇力场

    addatomtypes {{ "Zn" "Zn" "sp3" }} //向amber软件添加金属原子类型(Zn),名字:这主要是amber内部没有这些金属参数信息,需要自行加上,要与PDB中一致
    (addatomtypes {{ "Ca" "Ca" "sp3" }} //向amber软件添加金属原子类型(Ca),名字:这主要是amber内部没有这些金属参数信息,需要自行加上)
    (loadamberprep cals.top //载入自己构建的金属(Ca)参数文件)
    loadamberprep zinc.top //载入自己构建的金属(Zn)参数文件,上面的参数
    set ZIN restype protein //设定金属(Zn)参数文件作为蛋白的一部分,并想氨基酸一样取一个三个字(大写,amber格式要求的)的名字(随便取,这里我把Zn离子取为ZIN)
    (set CAL restype protein //设定金属(Ca)参数文件作为蛋白的一部分,并想氨基酸一样取一个三个字(大写,amber格式要求的)的名字(随便取,这里我把Ca离子取为CAL))

    proetin = loadpdb protein.pdb //载入所模拟的蛋白,本例子,我把蛋白,金属,结晶水分子都考虑在内,放到一个PDB文件中
    com = combine {protein LIG} //把模拟的蛋白,金属,水分子,与小分子配体联合起来,作为一个模拟的整体

    saveamberparm LIG lig.prmtop lig.inpcrd
    saveamberparm proetin proetin.prmtop proetin.inpcrd
    saveamberparm com com.prmtop com.inpcrd
    savepdb com com.pdb
    addions com Cl- 2
    solvatebox com TIP3PBOX 10
    saveamberparm com com_solvated.prmtop com_solvated.inpcrd
    quit

    参考:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6ae686e701016gwy.html

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/yanzhi123/p/3404377.html
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