liftover-基因坐标的转换

liftover的介绍

人类基因组有不同的版本，目前用的最多的是hg38和hg19，为了将不同版本的染色体上的位置一一对应，UCSC出了这款工具liftOver，官方的定义是：

This tool converts genome coordinates and genome annotation files between assemblies.

1.liftover的安装 

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver

2.坐标注释文件下载 

hg38Tohg19注释文件：

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz

hg19Tohg38注释文件:

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz

下载得到的*over.chain.gz不需要解压

如果需要其他版本的注释文件，请见Sequence and Annotation Downloads，下载对应的liftOver注释文件即可。

3.Input文件 

只接受BED格式文件，BED格式文件只定义前三列：chr start end，无表头

注：start不等于end（如果是单位点的话，建议所有end+1 

 

4.坐标转换

简单两个命令即可

1.将liftOver变为可执行文件
2.执行，参数为inputfile，over.chain.gz，outputfile，unmapfile（会输出没有对应上的行）

Example:
hg38>hg19

/path/to/liftOver /path/to/SFTSV_24vscontrol_circ_hg38.bed /path/to/hg38ToHg19.over.chain.gz /path/to/SFTSV_24vscontrol_circ_hg19.bed /path/to/SFTSV_24vscontrol_circ_hg19_unmap.bed

 

 显示坐标已经完全转换

2019-12-10

22:03:03