背景：16SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究，但是它有一些明显的限制，比如16S rRNA基因在物种中会有多个拷贝，而且，由于16S rRNA基因的进化速率较慢，在物种间保守，会存在多个物种的基因完全相同的情况，而且由于基因水平转移的发生，即使亲缘关系较远的物种，也可能出现基因序列完全相同的情况，更进一步讲，我们分析时通常只采用16S rRNA基因的某些区域，这导致物种间扩增出来的片段完全相同的概率大大增加；而一些蛋白编码基因，特别是一些参与重要的信号通路的基因，比如参与氮循环的的基因，这些基因出现水平转移的概率小，也可以作为分子标记来研究微生物的群落结构。FunGene 是一个免费的数据库，收录了许多功能基因的序列，而且提供了一些工具对功能基因进行分析。
网址：
http://fungene.cme.msu.edu/
FunGene 将功能基因进行了分类，共分为下面7类：
以功能基因 nifh 为例，下载数据库中对应的蛋白质序列
点击对应的链接
跳转的界面如下：
从上面的截图可以看到，数据库中收录的序列是有重复的，其实FunGene的序列来源于GeneBank 数据库，而GeneBank 数据库是有冗余的，所以FunGene 也会有冗余现象，所以在下载完序列之后，需要去冗余
在去冗余的过程中需要注意，uncultured 代表无法单独培养的一些菌， 比如 uncultured bacterium 代表无法单独培养的细菌，这个是一类物种的简称，不是指同一个物种；
在实际的下载过程中，我发现，FunGene 一次只允许下载10000条序列。
参考资料：
http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2013.00291/full