下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/windowmasker/
在这个目录下
其中windowmasker 为linux 平台的可执行文件
windowmasker 只需要根据基因组序列本身，就可以识别并标记高重复序列和低复杂度序列，
其有两种工作模式， 第一种为WinMasker模式， 用于识别重复序列；第二种为DUST模式，用于识别低复杂度序列；
windowsmasker 的处理过程分为两步：
第一步先生成一个count文件，通过指定 -mk_counts 开启，在这一步中会进行4次处理，其中前3步是可选的，
pass1 检查输入文件中的duplicate reads， 通过指定-checkdup true 开启；
pass2计算基因组总的碱基数;
pass3 计算阈值；
pass4 生成 count 文件；
count文件的格式有4种可选，分别是ascii, binary, oascii, obinary , 默认为ascii, 通过-sformat 参数指定, ascii 格式是文本格式，是人类可读的；binary 格式是二进制格式，在第二步中load 的更快； 而oascii 和 obinary 是通过哈希优化过的结构， 能够提升2.5-4倍的运行速度，同时消耗的内存更多，他们二者之间的区别在于，oascii 人类可读， obinarty 不可读；
备注： windowmasker 提供了一个count 文件的转换功能， 通过指定 -convert 开启， -in 指定原始的 count 文件， -out 指定生成的新的count 文件， -sformat 指定新生成文件的格式， -smen 指定生成文件时所用的最大内存， 只有输出文件格式为oascii 和 obinary 时才起作用， 其值为正整数， 默认为512， 单位数M, 即512M的内存， 当这个值不能满足要求时， 会报错；
第二步根据count文件标记输入序列中的重复序列， 通过指定-ustat 参数开启，该参数的值是第一步生成的count 文件；在这一步中也可以加入-dust 使用DUST 模式同时标记低复杂度序列，只有同时为重复序列和低复杂度序列的 区域被标记。 这一步运行完后生成的文件有两种格式，分别是interval和fasta, 默认为interval, 通过-outfmt 格式指定，interval 的格式输出内容为标记的序列的区间， 而fasta 格式用小写字母标记序列；
准备输入文件： 以人类hg38 的Y染色体为例：
wget http://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/CHR_Y/hs_ref_GRCh38.p2_chrY.fa.gz gunzip hs_ref_GRCh38.p2_chrY.fa.gz sed 's/>.*/>Y/' hs_ref_GRCh38.p2_chrY.fa > hg38.chrY.fa
查看fasat 文件内容:
head hg38.chrY.fa >Y CTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTCTGAAAGTGGACCTATCAGCAGGATGTGGGTG GGAGCAGATTAGAGAATAAAAGCAGACTGCCTGAGCCAGCAGTGGCAACCCAATGGGGTCCCTTTCCATA CTGTGGAAGCTTCGTTCTTTCACTCTTTGCAATAAATCTTGCTATTGCTCACTCTTTGGGTCCACACTGC CTTTATGAGCTGTGACACTCACCGCAAAGGTCTGCAGCTTCACTCCTGAGCCAGTGAGACCACAACCCCA CCAGAAAGAAGAAACTCAGAACACATCTGAACATCAGAAGAAACAAACTCCGGACGCGCCACCTTTAAGA ACTGTAACACTCACCGCGAGGTTCCGCGTCTTCATTCTTGAAGTCAGTGAGACCAAGAACCCACCAATTC CAGACACACTAGGACCCTGAGACAACCCCTAGAAGAGCACCTGGTTGATAACCCAGTTCCCATCTGGGAT TTAGGGGACCTGGACAGCCCGGAAAATGAGCTCCTCATCTCTAACCCAGTTCCCCTGTGGGGATTTAGGG GACCAGGGACAGCCCGTTGCATGAGCCCCTGGACTCTAACCCAGTTCCCTTCTGGAATTTAGGGGCCCTG
运行第一步，得到count文件，输出格式采用obinary
windowmasker -mk_counts -in hg38.chrY.fa -infmt fasta -out chrY.count -sformat obinary computing the genome length pass 1 pass 2 optimizing the data structure
运行第二步，标记重复序列
1） 生成interval 格式的输出
windowmasker -ustat chrY.count -in hg38.chrY.fa -out hg38.chrY.masked -outfmt interval head hg38.chrY.masked >Y 0 - 39 52 - 71 167 - 202 232 - 261 278 - 297 344 - 368 377 - 416 823 - 840 1431 - 1452
2） 生成fasta 格式的输出
windowmasker -ustat chrY.count -in hg38.chrY.fa -out hg38.chrY.fasta.masked -outfmt fasta head hg38.chrY.fasta.masked >Y ctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctctGAAAGTGGACCTatcagcag gatgtgggtgggAGCAGATTAGAGAATAAAAGCAGACTGCCTGAGCCAGCAGTGGCAACC CAATGGGGTCCCTTTCCATACTGTGGAAGCTTCGTTCTTTCACTCTTtgcaataaatctt gctattgctcactctttgggtccACACTGCCTTTATGAGCTGTGACACTCACcgcaaagg tctgcagcttcactcctgagccAGTGAGACCACAACCCcaccagaaagaagaaactcaGA ACACATCTGAACATCAGAAGAAACAAACTCCGGACGCGCCACCTttaagaactgtaacac tcaccgcgaGGTTCCGCgtcttcattcttgaagtcagtgagaccaagaacccaccaaTTC CAGACACACTAGGACCCTGAGACAACCCCTAGAAGAGCACCTGGTTGATAACCCAGTTCC CATCTGGGATTTAGGGGACCTGGACAGCCCGGAAAATGAGCTCCTCATCTCTAACCCAGT
利用convert进行格式转换
windowmasker -convert -in chrY.count -out chrY.count.ascii -sformat ascii reading counts... converting counts... converting parameters... final processing...