根目录/：
最重要的一个目录，与开机/修复/还原有关。该目录所在的分区越小越好，安装的程序也最好不要放在该分区内。
根目录下必须存在的子目录：
| 目录 | 说明 |
| /bin | 存放了很多常用命令，能被root和一般账号执行使用。新版centos中此目录是/usr/bin的连接点。 |
| /root | 开机时要用到的文件，包括linux核心文件、开机选项菜单和设置文件。 |
| /dev | 所有外设设备都以文件形式存在于此目录中。 |
| /etc |
存放系统设置的文件，可执行文件最好不在放置在此目录中。该目录有几个重要的子目录： passwd: 存放系统帐号信息； shadow: 存放系统登录密码； group: 存放群组信息； opt: 第三方协助软件的设置文件信息； |
| /lib | 存放系统函数库文件；其子目录 modules 存放核心驱动程序文件；新版centos中，此目录是/usr/lib连接点。 |
| /media | 存放可移除设备挂载点。 比如cdrom，软驱等。 |
| /mnt | 被media目录替代，可用于暂时挂载用。 |
| /opt | 安装第三方软件的地方。比如桌面管理系统KDE就装在这里。还有自定义的软件也可以安装在这里。但过去的习惯是安装在/usr/local目录内。 |
| /run | 存放开机时产生的各种记录文件。旧的FHS定义是在/usr/run目录内。 |
| /sbin | 常用的开机/修复/还原系统等执行文件存放于此。比如fdish,ifconfig等。 新版centos中，此目录是/usr/sbin的连接点。 |
| /srv | 存放网络服务需要的文件，比如网页文件、ftp存取文件等。 |
| /tmp | 存放临时文件的地方，任何人都可以访问更改。 |
| /usr | 用户文件 |
| /var | 变动性的文件。 |
根目录建议存在的目录：
| 目录 | 说明 |
| /home | 存放使用者的个人文件地方，每个使用者账号为一个子目录。 |
| /lib<qual> |
存放不同的二进制函数库文件，比如lib64存放64位的函数文件。此目录在新版centos中，是/usr/lib<qual>的关连点。 |
| /root | root管理员的家目录 |
其他一些较重要的目录，FHS中未提及：
| 目录 | 说明 |
| /lost+found | 如果使用了ext2,ext3,ext4文件系统，则会出现此目录，用于存放丢失的文件碎片。使用xfs文件系统，不会出现该目录。 |
| /proc |
存放一些运行中的各种信息记录文件。此目录存放在内存中，不占用硬盘空间。 |
| /sys | 与/proc类似，同样存放在内存中。 |
/usr目录：
FHS定义该目录存放一些可分享的不会变动的文件。usr英文全称是unix system resource，并非user的意思。一般安装的软件都会存放到此目录中，所以该目录占用的硬盘空间较大。
HFS要求/usr下应存在的目录：
| 目录 | 说明 |
| /usr/bin | 存放一般用户都能执行的程序，/bin关连该目录。该目录下不应再有子目录。 |
| /usr/lib | /lib关连与此。 |
| /usr/sbin | /sbin关连与此。 |
| /usr/local | 系统管理员安装的软件位置。 |
| /usr/share | 所有的说明文件，包括共享文件都存放在这里。比如man目录存放线上说明文件，doc存放软件项目说明文件，zoneinfo存放与时区相关的说明文件。 |
HFS建议/usr下存在的目录：
| 目录 | 说明 |
| /usr/games | 存放与游戏相关的文件。 |
| /usr/include | 一些与安装软件相关的包含文件 |
| /usr/libexec | 一般使用者较少用到的执行文件或脚本文件存放在此。 |
| /usr/lib<quar> | /lib<quar>关连到此目录中。 |
| /usr/src | 存放软件源代码的地方。核心linux源代码则存放在linux子目录下。 |
/var目录：
该目录存放的都是经常变动的文件，比如缓存文件，登录记录和软件运行时产生的记录文件，包括mysql数据库文件等。
FHS要求存在的目录：
| 目录 | 说明 |
| /var/cache | 应用程序执行时产生的缓存文件。 |
| /var/lib | 存放应用程序要用到的信息数据文件，比如mysql数据库文件。各种软件都会在该目录下建立自己的子目录。 |
| /var/lock | 某些设备或文件资源需要独占使用时，此设备或文件将上锁。新系统中，该目录关连至/run/lock目录。 |
| /var/log | 记录登录信息的目录。比如重要的文件有：/var/log/messages, /var/log/wtmp（记录登录者信息）。 |
| /var/mail | 存放email文件的目录。关连至/var/spool/mail目录。 |
| /var/run | 某些程序或服务启动后，其PID会记录到该目录中。该目录关连至/run目录。 |
| /var/spool | 等待执行程序要排队用到的资料。比如要发出的email信息，会暂存于此，等到发出后就删除。 |