• Illumina测序什么时候会测序到接头序列?


    Illumina测序什么时候会测序到接头序列?

    生信宝典 2020-12-09 23:58:45 888 收藏 5
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    什么是插入片段?
    在NGS基础 - 高通量测序原理中提到过文库的构建,具体如下图

     

    图中黑色片段即为我们的插入片段。根据测序用途不同,插入片段一般也不同。

    常规转录组测序、重测序插入片段为 200-300 nt。

    扩增子测序插入片段长度取决于使用的扩增引物,一般400-550nt。

    小 RNA 测序插入片段长度为 18-40 nt。

    插入片段长短与测序接头是什么关系呢?
    我们看下测序的过程:

     

    测序引物锚定在序列模板上,正好与模板的Rd2 SP (SP: sequence primer测序引物)完全互补配对,随后开始边合成边测序,所以测序reads 5'端的接头和引物序列都不会被测到,直接跳过。测序的第一个碱基是插入片段的第一个碱基。依次继续测。

    假如测序读长小于插入片段大小,那么插入片段部分都没有测通,另一端的Rd1 SP和P5序列都不会被测到,获得的 reads自然就不会存在与我们目标序列无关的接头序列部分。

    假如测序读长大于插入片段大小,那么插入片段全部测通之后,另一端的Rd1 SP和P5序列可能都会被测到,获得的 reads自然就会包含接头序列部分。

    常规转录组测序、基因组重测序、扩增子测序,使用模式为PE 150和PE 250,单端的读长大都不会长于插入片段,通常是不会测到接头序列的。

    为什么一批数据有的序列有接头,有的没有接头
    常规转录组测序、基因组重测序 DNA 片段因为片段化方式不同,如酶切或超声打断,获得的片段大小不是完全一致的,大部分目标片段长度集中于200-300 nt,但也有一部分会短于150 nt甚至再短一些,这部分片段被测序时就会产生长短不一的接头序列部分。
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