各种数据的组织形式不一样，其中shp、Coverage、Raster、CAD为文件类型，Geodatabase为空间数据库。Workstaion常用Coverage数据格式。现在ESRI公司推荐使用Geodatabase，一个真正实现对象存储的空间数据库，Geodatabase分为PersonalGeodatabase和企业Geodatabase，前者使用Access数据库，后者支持MSSQLServer、DB2、InforMix、Oracle等企业数据库系统，企业Geodatabase必须使用ESRI公司的SDE访问。
Shapefile：一种基于文件方式存储GIS数据的文件格式。至少由shp、dbf、shx三个文件作成，分别存储空间，属性和前两者的关系，是GIS中比较通用的一种数据格式。此外，还有prj、shp.xml、sbn和sbx四种文件：prj存储了坐标系统，shp.xml是对shapefile进行元数据浏览后生成的xml元数据文件，sbn和sbx存储的是shapefile的空间索引，它能加速空间数据的读取，这两个文件是在对数据进行操作、浏览或连接后才产生的，也可以通ArcToolboxDataManagementToolsIndexesAddspatialIndex工具生成。注意：每个文件的大小有2GB的限制。
Coverage：一种拓扑数据结构，一般的GIS原理书中都有它的原理论述。数据结构复杂，属性缺省存储在Info表中。目前ArcGIS中仍然有一些分析操作只能基于这种数据格式进行操作。
Geodatabase：ArcInfo发展到ArcGIS时候推出的一种数据格式，一种基于RDBMS存储的数据格式，其有两大类：
1、PersonalGeodatabse用来存储小数据量数据，存储在Access的mdb格式中，文件不能大于4GB。
2、FileGeodatabse同上，不过存储于文件中，文件大小没有限制。
3、ArcSDEGeodatabse存储大型数据，存储在大型数据库中Oracle，SqlServer，DB2等，可以实现并发操作，不过需要单独的用户许可。其他：mxd为地图文档文件，mxt为地图模板文件，lyr为层文件。注意：1、我们保存的并不是地图数据，数据存储在GIS数据库中，当显示时，地图会以此数据为基础进行显示。