EVM:
01 智能合约设计层面
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缺乏标准库支持：EVM缺少完善的标准库支持，甚至最基本的string类型支持，在EVM中都很鸡肋，例如字符串拼接、切割、查找等等都需要开发者自己实现。带来的后果就是开发者需要关注更多非本身业务的零碎细节，不能专注本身业务开发。同时自行实现的类库可能会因为时间、空间复杂度太高，消耗大量无谓的gas，又或者开发者从开源项目中借鉴相关类库代码，但也会引入更多安全性方面的问题，加重合约代码审计的复杂度，亦是得不偿失。
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难以调试和测试：EVM难以调试和测试，EVM除了能抛出OutOfGas异常之外，不会给开发者返回任何信息，无法打印日志、要做到断点、单步调试更是完全不可能。虽然event机制可以部分改善这个问题，但event机制的本身设计就决定了他不是一个优雅好用的调试工具。
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不支持浮点数：EVM不支持浮点数，以太坊以Wei为最小单位，只有整数，不支持其他粒度的计量，这种设计避免了引入浮点数导致的精度问题，但开发者在实际开发中，为了表示一个eth变量，就会在变量后面跟很多0，导致代码维护极度复杂。同时不可否认，浮点数在特定的场景下，还是有很大的利用价值的，不能一刀切直接放弃引入。
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合约不能升级：EVM不支持合约升级，合约升级是智能合约开发中的一个强需求，也是每一个合约开发者必须要考虑的问题，合约升级可以实现给现有合约打安全补丁、扩展现有合约功能等等。EVM完全不支持升级，开发者只能通过发布新合约来解决这个问题，费时费力。
EOS VM:
EOS是继以太坊之后，又一现象级的公链应用，有自己独立的一套基于WebAssembly的智能合约引擎，但目前EOS合约开发有如下几个明显问题：
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账户系统不友好：创建账户操作难度大，创建账户后才能发布合约，EOS需要使用已有账户去创建新账户，寻找一个拥有EOS账户的朋友或第三方，对任何人来说都不是一件很容易的事。创建账号需要购买RAM，就是需要花钱建账号，如果找第三方帮忙创建账号存在资金风险。创建账号后，还需要抵押EOS换取CPU使用时间和net带宽，才能在EOS网络做操作。这些操作对于开发者来说过于繁琐。
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RAM价格：RAM价格昂贵，合约运行必须用到RAM，EOS开通了RAM市场，用于交易内存，虽然说RAM可以买卖，但依然存在很多人炒作，导致RAM价格昂贵。
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开发难度大：使用C++作为合约开发语言，极大的提高了合约开发门槛，C++本身就极为复杂，在其上还要去调用EOS.IO C++ API完成智能合约开发，对开发者的个人能力要求极高。