对score.sc的便利操作：
$ sort -n -k2 example_score_file.sc
此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序，可用-r倒序排列)，并输出文件。
$ sort -n -k2 example_score_file | awk '{print $2 " " $3}'
此命令以score文件第二列进行排序后，输出第二列及第三列（awk '{print $2 " " $3}'）,第二列通常代表total_score（通常total_score越小越好，即越负越好）。
$ sort -n -k2 example_score_file.sc | head -n 1000 | awk '{print $2 " " $25 " " $NF}'> score_rmsd.dat
此命令以score文件第二列进行排序后，取前1000条数据（head -n 1000），输出第二列，第25列（在某些protocol中第25列代表rmsd值，依不同的option及protocol，每列的数据可能都有所不同）及最后一列（$NF）到文件score_rmsd.dat文件中（> score_rmsd.dat）。
$ gnuplot Terminal type set to 'x11' gnuplot> plot "score_rmsd.dat" u 2:1
上述命令使用gnuplot对score_rmsd.dat文件的第一列及第二列画散点图，如下所示。
可以看出score（y轴）与rmsd（x轴）有一定收敛性，及越小的rmsd通常对应这越低的能量（score）。