如果选择了不立即分配空间，那使用了一阵子虚拟机后，你会就发现虚拟机文件只增不减，远大于虚拟系统中已使用的空间；还有虚拟系统运行速度逐渐下降，这样可能造成很多不便。这时可以对虚拟磁盘/分区进行整理和压缩：整理（Defragment）在虚拟机设置中的虚拟磁盘设置可以找到，关键是保持磁盘数据的连续性，可以提高磁盘性能。压缩（Shrink）功能可以收回虚拟系统中未使用的空间，使虚拟机文件大小与虚拟系统已占用空间基本一致。
原来以为压缩功能应该也在VMware软件中可以找到，但找了很久都没找到。上网搜索资料也被误导了。后来仔细看了VMWare的用户手册后才发现原来这项功能分两步，而首先应该在虚拟机的虚拟操作系统中启动！虚拟机装了VMware Tools就有这项功能了：虚拟的Windows系统在控制面板中有项VMware Tools，而虚拟Linux/FreeBSD系统可以用vmware-toolbox。打开后可以看到有一栏Shrink，选中要压缩的分区，点击Prepare to shrink即可进行压缩准备。在虚拟机系统中完成压缩准备后，会跳回到真正操作系统中，有个进度框提示正在压缩虚拟机文件，最后在虚拟机系统中提示完成压缩工作。
但压缩功能有些限制，如不能用在选择了预分配空间的虚拟机上、不能有快照、只能对分区进行压缩，不能对物理盘进行压缩等等，具体可以参考用户手册。另外，在查看帮助时应该点击帮助菜单中的“用户手册”（User's Manual），而不是“帮助主题”（Help Topics），否则只能看到一些很基本的VMware软件操作配置，很多东西都找不到。