poj 3080 Blue Jeans 解题报告

题目链接：http://poj.org/problem?id=3080

       该题属于字符串处理中的串模式匹配问题。题目要求我们：给出一个DNA碱基序列，输出最长的相同的碱基子序列。（保证在所有的序列中都有出现）

　　这里采用了Brute Force算法（由于碱基序列的串长仅为60，规模比较小），这是模式匹配的一种最简单的做法。

　　设： 最长公共字串为ans，其长度为maxlen。

　　m个碱基序列为p[0]...p[m-1]。由于公共子序列是每个碱基序列的子串，因此不妨枚举p[0]的每一个可能的子串s。以s为模式，分别以p[1]...p[m-1]为目标进行匹配计算：

　　若s为p[1]...p[m-1]的公共子串（strstr(p[k], s) != NULL, 1 <= k <= m-1），且s串的长度>maxlen，或者s的长度虽等于maxlen，但字典序小于目前最长的公共子串ans（strcmp(ans, s) > 0），则将s调整为最长公共子串（maxlen = s串的长度; strcpy(ans, s)）。在枚举了p[0]的所有子串与p[1]...p[m-1]后，最终得出的最长公共子串ans即为问题的解。

    

#include <iostream>
#include <string.h>
using namespace std;
const int maxn = 10 + 5;   // 碱基序列数的上限
const int maxs = 60 + 5;   // 串长上限

int main()
{
    char p[maxn][maxs], ans[maxs], s[maxs];
    int i, j, k, len, maxlen, m, n;
    while (scanf("%d", &n) != EOF)
    {
        while (n--)
        {
            memset(ans, 0, sizeof(ans));  // 最长公共子串
            scanf("%d", &m);    // 输入碱基序列的数目
            for (i = 0; i < m; i++)  // 输入第i个碱基序列
                scanf("%s", p[i]);
            len = strlen(p[0]);
            maxlen = 0;    // 最长公共子串的长度
            for (i = 0; i < len; i++)   // 枚举p[0]的每个子串，判断其是否为目标子串，子串的起始位置为i，结束位置为j
            {
                for (j = i+2; j < len; j++)
                {
                    strncpy(s, p[0]+i, j-i+1);      // 提取该子串s(即长度为j-i+1，p[0]+i的所有字符复制到s中
                    s[j-i+1] = '\0';
                    bool ok = true;
                    for (k = 1; ok && k < m; k++)
                    {
                        if (strstr(p[k], s) == NULL)  // 试探s是否为p[1]...p[m-1]的公共子串
                        {
                            ok = false;
                            break;
                        }
                    }
                    if (ok && (j-i+1 > maxlen || maxlen == j-i+1 && strcmp(ans, s) > 0))   // 若s是目前最长的公共子串，或者虽然s同属最长公共子串但字典序小，则s设为最长公共子串
                    {
                        maxlen = j-i+1;
                        strcpy(ans, s);
                    }
                }
            }
            if (maxlen < 3)    // 若最长的公共子串的长度不足3，则给出错误信息，否则输出最长公共子串
            {
                printf("no significant commonalities\n");
            }
            else
                printf("%s\n", ans);
        }
    }
    return 0;
}