网站应用程序：Web 应用程序是一种可以通过Web访问的应用程序。我们自己以前用VS开发的Web应用程序一般是通过人工部署到IIS上的，而SharePoint的Web应用程序是由SharePoint安装时自动部署的（包括数据库的创建、asp.net页面与数据库的连接等）。
而且它的目录结构是Sharepoint自己构建的，有着自己的放置规则，不像我们以前那样可以根据功能以及业务需求而自己定义目录结构。（http://www.contoso.com）
网站集：网站集由一个首要网站以及该网站下的所有网站组成。它必须建立在一个网站应用程序下面。刚建立的网站集只包含一个首要网站。从体系结构的角度而言，必须在单个内容数据库中存储网站集的所有内容。不可以使网站集的内容分散在多个内容数据库中。每个网站应用程序下面可以创建多个网站集。例如 http://www.contoso.com/sites/TeamA 和 http://www.contoso.com/sites/TeamB。
网站：网站是建议在网站集下的虚拟概念。我们以前使用asp.net创建的网站相当于一个web应用程序，这跟目前的网站不是同一概念了。在SharePoint中，网站是建立在网站集下面的一个虚拟的产物并且网站下面可以包含子网站。
结构如下图所示：
参考：http://www.cnblogs.com/iamlilinfeng/p/3186919.html
http://technet.microsoft.com/zh-cn/library/cc262410.aspx