目前，常见的中医教程中一般将“五行”描述为“金木水火土”五种物质的运动，和阴阳学说共同作为中国古代认知世界的方法和工具。
显然，五行之说并非仅仅为中医学所独有，而是中国古代哲学中比较普适的理论，后来形成藏象学说，并应用到脏腑、分析相生相克，应用到了中医学上。
起源：
《史记·卷二十七·天官书》中，将五行与朱雀玄武二十八宿进行了融合分析。
而在《黄帝内经·素问·卷一·上古天真论》即有“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之”；随后《素问·卷二·阴阳应象大论篇》中将东西南北中与五行进行了对应阐述，同时，本篇还提出了“木生酸，酸生肝”“火生苦，苦生心”的说法，显然是比较早期的五行与脏腑对应关系，以及与药物的五味关系描述。
由上可见，五行与古代天文学关系极大，结合古代“天人合一”的传统，将五行运用到医学甚至更多领域十分正常，比如在儒家经典著作《春秋繁露》中，就有“三纲五常”的说法，应当是五行在伦理体系中的演化结果。
而在医学应用，显然至少在《黄帝内经》成书时期已经开始运用。
作用：五行的基本特征是将“金木水火土”的物质特性进行了直观类比，如“火性炎上”等，通过与五脏对应，则可用于说明五脏生理功能，如肾属水，水者润下、闭藏，故有肾主水，主藏精。
通过五行相生相克关系，可辅助说明五脏之间的活动关系，如心与肺的关系，有“心之阳热可抑制肺之清肃过”的说法，对应在五行中，即为火克金。
发展分析：五行学说，应当是在中医学发展的历史上起到了很大的作用，但由于其理解不甚直观，需要较多的分析推理过程，所以出现了各种演化和选择使用，如《伤寒论》即采用了六经辨证为主、五行的说法在处方分析中若隐若现，如《辨太阳病脉证并治·中·柴胡加龙骨牡蛎汤方》中“火热入胃，胃中水竭”。
并且，在现代医学和中医并存的今天，和前人相比，我们对中医的认知与发展有了更多的选择，比如与解剖学关系较大，易形象理解的脏腑成为了常见的切入点，如中医院分科，大多采用“脾胃病科”这样的方式，或许可以认为，五行学说实际已经与时代发展充分结合，虽然并不常被直接提起，但选择了一种新的方式存在。