自己感兴趣的一些序列作为数据库,然后用blastn把测序的read比对到自己建立的数据库中。
1.用fasta文件创建blast数据库
makeblastdb -in input_file -input_type type #输入的文件类型:String, `asn1_bin', `asn1_txt', `blastdb', `fasta' -dbtype molecule_type #要生成的数据库类型:String, `nucl', `prot' -title database_title -parse_seqids #保持fasta文件内的序列名,否则程序会给它重新安排一个名词。 -out database_name
2.然后用blastn比对
blastn -query #要比对的文件,接收fasta文件。 -db #要比对的数据库,用makeblastdb生成数据库会产生6个文件,只要写数据库的名词即可,后缀不要写。 -out #输出文件