1.InnoDB存储引擎
MySQL5.5中InnoDB成为默认的存储引擎。InnoDB是事务型存储引擎，被设计用来处理大量的短期事务。它的性能和自动崩溃恢复特性，使得它在非事务场景中也很流行。
所以可以这么说：“除非需要用到某些InnoDB不具备的特性，并且没有其他办法可以替代，否则都应该优先选择它”。
InnoDB的数据存储在表空间中，它可以将每个表的数据和索引存放在单独文件中。
InnoDB采用MVCC来支持高并发，并且实现了四个标准的隔离级别。默认级别是REPEATABLE READ(可重复读)，并且通过间隙锁策略防止幻读的出现。
InnoDB表示基于聚簇索引建立的，聚簇索引对主键的查询有很高的性能。
InnoDB支持真正的热备份，可以通过XtraBackup工具实现。
InnoDB内部做了很多优化，包括从磁盘读取数据时采用的可预测性预读，能够自动在内存中创建hash索引，能够加速插入操作的插入缓冲区等。
应用场景：
需要在线热备份
数据量大，需要系统崩溃后快速恢复。比如订单处理。
2.MyISAM存储引擎
MySQL5.1之前，MyISAM为默认的存储引擎。MyISAM不支持事务和行级锁且最大缺陷就是崩溃后无法安全恢复。
.MyISAM将表存储在两个文件中：数据文件和索引文件。
MyISAM对整张表加锁，读取时对需要的所有表加共享锁，写入时加排它锁。但是在表有读取查询时，也可以往表中插入新的记录（并发插入）
MyISAM可以手工或者自动执行检查修复操作，但是可能导致数据丢失而且修复操作非常慢。
MyISAM表中BLOB和TEXT等长字段也可以基于前500个字符创建索引。MyISAM也支持全文索引，这是基于分词创建的索引，可以支持复杂的查询。
MyISAM在创建表时候如果指定DELAY_KEY_WRITE（延迟更新索引键），在每次修改执行完成时会将索引写入内存中的键缓冲区，挡在清理键缓冲区或者关闭表时才会将对应索 引块写入磁盘，这种方式可以极大提升写入性能。但是在数据库或主机崩溃时索引会损坏。
应用场景：
主要是SELECT和INSERT操作的场景，比如一般日志型的应用。