利用ovito来计算MSD

1.python script：

import numpy

def modify(frame, data):
# Access the per-particle displacement magnitudes computed by the
# 'Displacement Vectors' modifier preceding this user-defined modifier in the
# data pipeline:
displacement_magnitudes = data.particles['Displacement Magnitude']

# Compute MSD:
msd = numpy.sum(displacement_magnitudes ** 2) / len(displacement_magnitudes)

# Output value as a global attribute to make it available within OVITO:
data.attributes["MSD"] = msd

2.ovito中的操作

（1）打开unwrap trajectories  ，目的是不考虑周期性原子，计算会才会准。

（2）打开以下的功能，运行后，再选择“File”——“export file”，导出数据。