实施ERP后优点多多，提高工作效率，方便管理，但事实真的是这样吗?实施中因为现有流程与ERP流程不符，使用员工自身素质，数据收集不细等原因会导致很多问题的出现。例如，采购方做采购的时候需要做发票预制，但预制往往是错误的，财务在做校验的时候会重新手工更改，这样采购用户就会有意见了，既然财务都能更改，发票预制做不做都可以，数据对不对都行，为什么还要我们做一步这样的操作?这样既浪费时间，又做了无用功。财务与采购的矛盾很大，采购的用户经常在经常做发票预制的时候会有很大的抵触。如果有管理规定，采购的用户必须做操作，这样会或多或少减少摩擦的出现。生产计划和物料需求分析的结果允许用户进行手工调整。但由于物料的上下级关系，会发现对上层物料的计划量进行修改之后，会影响下级物料的相关需求量，而这一点却完全被忽略了。如果用户进行真正应用之后，会经常发现生产的半成品总是出现短缺或者过剩，与其上级的计划不符。目前系统中的数据还不是自动导入，数据也不是实时的，拿库存方面举例，物料采购入库后，库管员收货时就会按采购订单收货，但收货量的数据是可以更改的，在没有管控的时候，库管员就会随意更改收货量，造成管理的盲点，“图谋不轨”的人就有了可乘之机。之后如果有人发现问题，查找原因，库管员在盘库的时候就会更改盘盈亏的数据，让人找不到证据。遇到这样的问题，我们可以通过细化权限，增加审批流程等方法控制。由于人员数量的原因，往往做到权责分离的部分，由于人手不够，造成一人多岗，既做采购又做收货，这就会造成管控的盲点，内控虽然有管理，但在实施中都会把权限的角色分开，但实际中又把多个角色都加到同一个操作员的身上。类似以上的问题还有很多很多。只要通过人为的管理，才能有效的控制盲点的出现。
ERP的灵魂是管理思想，主体是体现管理思想的管理应用模式，技术是其建立的支撑，它作为一种先进的管理思想和手段，它所改变的不仅仅是某个人的个人行为或表层上的一个组织动作，而是从思想上去剔除管理者的旧观念，注入新观念。很多人有这样的误区，认为ERP只是一般意义上的企业信息化建设，一个计算机硬件、软件和互联网系统的建设，往往忽略它是企业管理思想再造，要通过其有效的管控对流程的盲点进行规范。以致实际应用中既没有立足于企业管理创新，也没有把应用ERP与深化改革、管理创新、应用其他现代企业管理思想和方法紧密结合起来，相辅相成，互为作用。
有效的管控是ERP实施应用的组织基础和组织保障，借助信息科技的最新成果来优化和加强企业的运营和管理。它的实施应用需要企业在管理思想上的革命，在管理流程上的重组以及管理手段上的更新。企业应当充分认识到，即使有了计算机软件的规范，完成企业系统的改造也是十分艰巨的，必须有脱胎换骨的思想准备。ERP管理系统之所以成为一把手工程，是有很多实际业务与理论上的理解完全不同，需要领导拍板下决定。ERP涉及到企业管理机制、生产组织方式、人员素质等诸多因素，要涉及到企业的每一个部门，都需要有最高决策层的领导与推动，需要各职能部门间的紧密配合与相互协调，由熟悉业务的管理人员和熟悉技术的计算机专业人员一起，对企业业务处理流程进行重新设计，去除冗余和无效的工作环节，并在此基础上调整企业组织结构。
当ERP系统建立时，它必然对原有平衡的权利体系进行一次新的重新组合。管理学中，管理四要素为计划、组织、领导、控制，这都不是ERP系统完全能做到的，需要管理者的人为干预，处理历史遗留问题，方便业务流程畅通。实施ERP的挑战不只是计算机系统的改造，还要有员工处理基本工作。ERP是信息技术和管理技术的完美结合，企业决策人和管理者，甚至普通员工，要不断学习、研究、掌握现代企业管理思想、方法以及计算机技术和通讯技术的最新发展，用现代管理理论和信息技术武装头脑，开拓眼界，要求全体员工的积极参与，各负其责。系统不是万能的，很多盲点需要人为加以干预，分析利弊，需要领导决策。