IIS 6.0 可支持 32 位和 64 位两种模式。但是，IIS 6.0 不支持在 64 位版本的 Windows 上同时运行这两种模式。ASP.NET 1.1 只在 32 位模式下运行。而 ASP.NET 2.0 在 32 位或 64 位模式下都可以运行。因此，如果想要同时运行 ASP.NET 1.1 和 ASP.NET 2.0，必须在 32 位模式下运行 IIS。
要在 ASP.NET 的不同版本之间切换，请访问以下 Microsoft Developer Network (MSDN) 网站以下载并安装 ASP.NET 1.1 和 ASP.NET 2.0：
http://msdn.microsoft.com/netframework/downloads/updates/default.aspx
例如，如果您正在运行 Microsoft Windows x64 Edition，请下载以下两种可再发行组件包：
• .NET Framework 版本 2.0 可再发行组件包 x64（64 位）
• .NET Framework 版本 1.1 可再发行组件包
安装可再发行组件包后，您就可以在 ASP.NET 的不同版本之间切换了。为此，应对每个 ASP.NET 版本完成以下操作步骤：
ASP.NET 1.1，32 位版本 要运行 32 位版本的 ASP.NET 1.1，按照以下步骤操作：
1. 单击“开始”，单击“运行”，键入 cmd，然后单击“确定”。
2. 键入以下命令启用 32 位模式：
%SYSTEMDRIVE%inetpubadminscriptsadsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 1
3. 键入以下命令，安装 ASP.NET 1.1 版本并在 IIS 根目录下安装脚本映射：
%SYSTEMROOT%Microsoft.NETFrameworkv1.1.4322aspnet_regiis.exe -i
4. 确保在 Internet 信息服务管理器的 Web 服务扩展列表中，将 ASP.NET 版本 1.1.4322 的状态设置为允许。
ASP.NET 2.0，32 位版本要运行 32 位版本的 ASP.NET 2.0，请按照以下步骤操作：
1. 单击“开始”，单击“运行”，键入 cmd，然后单击“确定”。
2. 键入以下命令启用 32 位模式：
%SYSTEMDRIVE%inetpubadminscriptsadsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 1
3. 键入以下命令，安装 ASP.NET 2.0（32 位）版本并在 IIS 根目录下安装脚本映射：
%SYSTEMROOT%Microsoft.NETFrameworkv2.0.40607aspnet_regiis.exe -i
4. 确保在 Internet 信息服务管理器的 Web 服务扩展列表中，将 ASP.NET 版本 2.0.40607（32
位）的状态设置为允许。
ASP.NET 2.0，64 位版本要运行 64 位版本的 ASP.NET 2.0，请按照以下步骤操作：
1. 单击“开始”，单击“运行”，键入 cmd，然后单击“确定”。
2. 键入以下命令禁用 32 位模式：
%SYSTEMDRIVE%inetpubadminscriptsadsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 0
3. 键入以下命令，安装 ASP.NET 2.0 版本并在 IIS
根目录下安装脚本映射：
%SYSTEMROOT%Microsoft.NETFramework64v2.0.40607aspnet_regiis.exe -i
4. 确保在 Internet 信息服务管理器的 Web 服务扩展列表中，将 ASP.NET 版本 2.0.40607 的状态设置为允许。
参考地址：http://www.cnblogs.com/szytwo/archive/2012/10/12/2721931.html