虽然不影响使用，但一堆警告信息着实让人不爽，继续往下看。
用Notepad2的“查看->显示换行编码"查看发现通过Unity3D编辑器创建的脚本文件是以"LF"结尾（Unix平台），MonoDevelop IDE创建的也是以“LF”结尾（Unix平台），而直接用Visual Studio创建的文件是以“CR LF”结尾（Windows平台）。由于换行编码不一致导致报以上警告。
解决办法
将脚本文件换行编码统一改为“CR LF”就可以了。
用Visual Studio打开需要修改的文件，然后“文件->高级保存选项” 行尾选择“Windows (CR LF)”保存
将Unity安装目录EditorDataResourcesScriptTemplates目录下的所有文件用上面的方式修改换行编码，以后通过Unity3D编辑器创建的文件将默认以“CR LF”换行，一劳永逸。
参考资料：
http://www.cnblogs.com/sevenyuan/archive/2012/12/06/2805114.html