7、sraToolkit安装使用

参考：http://blog.csdn.net/Cs_mary/article/details/78378552        ###prefetch 参数解释

          https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/#SRA_download.how_do_i_use_the_sra_toolki    ##  convert data into a particular format (fastq-dump等）

          https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads                ###sra-tools软件的下载，不同系统（Centos ubuntu window）

          http://blog.csdn.net/xubo245/article/details/50513201                                 ###用Aspera connect从NCBI上下载SRA格式数据

         https://indexofire.gitbooks.io/notebook_of_analyzing_pathogen_ngs_data/content/chapter_1/sra.html

        http://boyun.sh.cn/bio/?p=1933

一. window

1.下载地址：

http://downloads.asperasoft.com/connect2/

2.下载：

数据下载地址：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/1000genomes/

 其他地址：

http://www.1000genomes.org/aspera

二 linux

1、下载安装

http://downloads.asperasoft.com/

curl -O http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.1/aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.tar.gz

 tar zxf asper-commect-3.6.1.110647-linux.tar.gz  

sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh  

2、##加入路径

echo "alias acsp=/home/sxuan/.aspera/connect/bin/ascp"  >>  ~/.bashrc 

3、下载地址查找：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/   

      1）单个下载：ascp -i /your-path-to/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR689/SRR689250/SRR689250.sra ./

    

      2）批量下载：整理成下面的格式黏贴在文本SRR_Download_List_file_list.txt 中：

    /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR689/SRR689250/SRR689250.sra

   /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR893/SRR893046/SRR893046.sra

nohup ascp  -i  /share/home/jialj/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp   --file-list  SRR_Download_List_file_list.txt ./ &

Aspera的用法： $ ascp [参数] 目标文件 目的地址

Aspera的常用参数：

-T            不进行加密。若不添加此参数，可能会下载不了。

-i             string 输入私钥，安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥，使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。

--host      string ftp的host名，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk。

--user      string 用户名，NCBI的为anonftp，EBI的为era-fasp。

--mode    string 选择模式，上传为 send，下载为 recv。

-l             string 设置最大传输速度，比如设置为 200M 则表示最大传输速度为 200m/s。若不设置该参数，则一般可达到10m/s的速度，而设置了，传输速度可以更高。

三  prefetch直接调用ascp，没有安装ascp之前直接用http

-f | –force Force object download. One of: no, yes, all. no [default]: Skip download if the object if found and complete; yes: Download it even if it is found and is complete; all: Ignore lock files (stale locks or if it is currently being downloaded: use at your own risk!). 
强制下载 
默认：文件已经存在则跳过 
yes: 即使已存在完整文件仍然下载

–transport Value one of: ascp (only), http (only), both (first try ascp, fallback to http). Default: both. 
传输 
默认： 先尝试ascp, 再尝试http

-l | –list List the contents of a kart file. 
列表kart文件 
-s | –list-sizes List the content of kart file with target file sizes. 
列表Kart文件及文件大小 
-N | –min-size Minimum file size to download in KB (inclusive). 
最小下载文件大小 
-X | –max-size Maximum file size to download in KB (exclusive). Default: 20G. 
最大下载文件大小 
默认 20G 
-o | –order Kart prefetch order. One of: kart (in kart order), size (by file size: smallest first). default: size. 
Kart文件下载顺序 
默认：按文件大小顺序下载 
-a | –ascp-path

prefetch -a “/opt/aspera/bin/ascp|/opt/aspera/etc/asperaweb_id_dsa.openssh” SRR390728

When the toolkit is unable to locate an installed version of Aspera, the location of ascp and ssh key (-a /opt/aspera/bin/ascp|/opt/aspera/bin/asperaweb_id_dsa.openssh”) can be provided. 
无法自动调用Aspera时就需要提供ascp的路径和密钥

prefetch -t ascp -a “/opt/aspera/bin/ascp|/opt/aspera/bin/asperaweb_id_dsa.openssh” --list SRR.file

prefetch -c SRR390728

This command will check the availability of all needed reference sequences (-c) for a given accession. 
检查给定序列号是否可以能够下载

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批量下载SRRxxxxxx

# 如何下载多个文件？创建一个含有SRR runs的文件。

echo SRR1553608 > sra.ids

echo SRR1553605 >> sra.ids

# 用这个文件去prefetch对应的runs.

prefetch --option-file sra.ids

# 拆包下载好的所有文件。请注意下边的做法不是特别妥当，因为（文件夹里）除了我们用sra.ids下载的，可能还有别的prefetch下来的文件。

fastq-dump --split-files ~/ncbi/public/sra/SRR15536*

--split-files: 　　By using this, one single SRR file will download as SRRxxx_1.fastq and SRRxxx_2.fastq.

--split-3:　　   which splits your SRR into 3 files: one for read 1, one for read 2, and one for any orphan reads (ie: reads that aren’t present in both files). This is important for downstream analysis, as some aligners require your paired reads to be in sync (ie: present in each file at the same line number) and orphan reads can throw this order off.