概念：
如果两个序列享有一个共同的进化上的祖先,则这两个序列是同源的(homologous)
直系同源:若一一个基因原先存在于某个物种,而而该物种分化为了两个物种,两个物种中的相同的基因功能未变化;
旁系同源的序列因基因复制(gene duplication)而被区分开(separated):若生生物体中的某个基因被复制了,功能改变了,那么两个副本序列就是旁系同源的。因此,旁系同源基因存在于同一个物种。
http://seqanswers.com/wiki/Software/list
比对：
全局比对：Clustalw MUSCLE HMMER（进化树）
Clustalw下载：http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html
局部比对：BLAST Blat Blastz Genewise Fasta
Blast—Basic Local Alignment Search Tool http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi nr:非冗余的核酸库 nt:非冗余的蛋白库
一段序列和另一段所关心的序列之间有没有同源的子序列
多序列比对的干广泛应用(Tree View FigTree MEGA)
1：获得共性序列 2:种系分析 3:保守区段分析
短序列比对：SOAP2 BWA Bowtie MAQ
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