在网络上，关于Unity与Android如何进行交互，雨松MOMO大神已经有两篇文章简单介绍了如何操作（1）Unity3D研究院之打开Activity与调用JAVA代码传递参数（2）Unity3D研究院之与Android相互传递消息。这两篇文章简单介绍如何操作，但是具体的内部细节并没有涉及到。下面介绍两种Unity与Android交互的方式（或者说就是接入Android SDK），分别是（1）Unity导出Android工程，然后你将SDK工程作为Library来接入（2）Plugins方式，这种方式就是在Assets目录下新建Plugins/Android目录，把你需要的资源、jar包等按规定放进去。
（1）Unity导出Android项目
通过在Build Settings中选择Google Android Project选项，点击Export，可以得到一个Unity生成的Android项目。
将项目导入到Eclipse中，可以看见如下的项目结构：
让我们先不管src的源代码，首先关注libs。
libs目录
libs有三部分：前两者(armeabi-v7a, x86)表示手机的两种硬件设备，包含了各自所需的so文件，我们可以在Unity的Player Settings->Other Settings->Device Filter中来进行选择。而unity_classes.jar就是UnityPlayerActivity类所在的jar包，其实就是Unity目录下的EditorDataPlaybackEnginesAndroidPlayerVariationsil2cppDevelopmentClassesclasses.jar。（注意，这个路径是Unity5.3的路径，不同版本的Unity中，该路径是不同的）
下面我们来查看classes.jar（即unity_classes.jar）的内容
classes.jar
在网上下载一个Java反编译工具，比如JD-GUI，打开classes.jar，我们可以看见如下结构：
其中jnibridge应该是用来实现Java与其他语言的通信，而fmod是用来控制音频的，剩下的com.unity3d.player才是我们需要重点关注的。通常我们自己新创建的Activity，都是要继承UnityPlayerActivity类，因此我们首先查看该类，其部分内容如下：
该类的内容十分简单，其中最为重要的是UnityPlayer：
回忆一下，我们在Android里定义自己的Activity：
public class UnityTestActivity extends UnityPlayerActivity
在Unity里调用Android的方法的步骤：
AndroidJavaClass jc = new AndroidJavaClass("com.unity3d.player.UnityPlayer");
AndroidJavaObject jo = jc.GetStatic<AndroidJavaObject>("currentActivity");
jo.Call("StartActivity0","第一个Activity");
因为我们继承了UnityPlayerActivity，那么当我们的UnityTestActivity调用onCreate方法时，就同时把自己这个实例传递到了UnityPlayer中的currentActivity。因此在Unity中我们就可以利用currentActivity来调用我们自定义的UnityTestActivity中的方法。
这时回头查看src的源代码，可以发现其内容和classes.jar中差不多。
清单文件 AndroidManifest.xml
一个默认的清单文件中有以下重要内容：
这里，package是在Player Settings->Other Settings->Bundle Identifier设置。默认UnityPlayerActivity为主Activity。
PS.
除了通过导出Android工程来查看自动生成的内容，也可以通过Unity安装目录下的EditorDataPlaybackEnginesAndroidPlayer来查看，其目录内容如下：
我们重点看Apk、Source、Variations，这三者里面就包含默认的AndroidManifest.xml，res目录和assets目录等。
（2）Plugins/Android
我们可以通过在Plugins/Android中添加东西来影响Unity生成的Android项目。
AndroidManifest.xml
我们可以直接在Android目录下添加一个AndroidManifest.xml文件，这个文件会影响最终的Android项目中的清单文件。注意，这里的程度只是影响，而不是完全替换，比如package会最终替换为Bundle Identifier的设置，如果没有以下几行
<uses-feature android:name="android.hardware.touchscreen" android:required="false" />
<uses-feature android:name="android.hardware.touchscreen.multitouch" android:required="false" />
<uses-feature android:name="android.hardware.touchscreen.multitouch.distinct" android:required="false" />
如果是默认设置他也会默认加上去，等等。
PS: AndroidManifest.xml要放到Android目录下才会对主清单文件起作用，如果你放到其他目录，比如test，则不会对最终的Android项目有作用。
res目录
你可以在Android目录下增加一个res目录。不管这个目录是空的还是有东西，导出来的Android项目都会多一个叫unity-android-resources的Library工程，而我们的主Android工程则引用了该Library，如图：
观察这个Library就知道，这个工程主要就是存放资源的，比如我们这里把东西放到res目录中，则这些多出来的东西就会放到Library工程中。注意，res目录的东西不能随便乱放，要按照合格的目录结构来，即一般如下：
如果你是随便把资源放到res目录下，或其他错误名字的子目录，比如res/test等目录下，都会报出以下的错误：
assets目录
assets目录和res目录类似，都是存放资源的，只是res目录里面的资源会在R文件中生成ID，而assets目录不会生成ID，需要自己手动根据路径来访问资源。
jar包
在查看网上的相关文章时，发现大多数文章都说要把jar包放到Plugins/Android目录的libs或bin目录。不知道是不是Unity5做出了修改，我发现jar包不管放到哪，只要在Assets目录下，都能起作用，成为最终Android工程的libs中的内容。
Library工程
你可以在Plugins/Android目录下放置一个Android Library工程，只要设置得当，这个工程就会被Unity识别并在最终生成的Android工程中引用。这个也是我接入Android SDK时主要使用的方式，十分方便并且易于管理（毕竟这让你知道哪些资源、jar包是归哪个SDK的。而如果所有资源都放在res目录，jar包都放在libs目录，这样就不知道某个SDK原本的东西在哪了）
我的SDK接入工作流程
下面介绍我接入SDK时的流程，这只是我个人感觉比较方便的流程，如果大家有更好的流程，希望能在评论区告知。我一般会同时使用上述两种方式，因为第一种方式的缺点是不好进行项目管理（毕竟有两个分开的项目），并且要打包一个apk也比较麻烦；而第二种方式的缺点就是不直观，调试不方便。
（1）建立SDK的Android Demo工程
根据文档，将需要的功能以Unity易于调用的方式写成接口，比如我一般定义函数签名为void FuncName(String params, String callbackTarget, String callbackMethod)
这里，params就是SDK接口需要的参数（或者是参数列表，以";"等分隔符连接具体的参数，比如: "Apple;12"），callbackTarget就是Unity里调用回调方法的GameObject的名字，而callbackMethod就是回调方法的名字。
然后创建简易的界面（比如几个按钮）来调用这些写好的接口，确定接口的功能无误
（2）将Demo工程转换为Library工程
去掉Demo工程中测试用的Activity、布局文件，在清单文件中去掉主Activity的设置，最后把项目设置为Library。
（3）Unity导出Android工程，和上面的Library工程一起导入到Eclipse中
导入完成后，如果你的Library工程用到classes.jar，你需要先删掉该classes.jar，然后再添加Unity的Android工程的unity_classes.jar引用。
（4）把Library工程添加到Unity工程
通过（3），我们可以得到一个设置正确的Library工程，这时候我们可以直接把该工程拖到Unity工程的Plugins/Android目录下
（5）在Unity中编写调用Library工程接口的代码
其他
（1）Unity在直接导出Apk时，会在Temp目录（与Assets目录同级）下的StagingArea目录生成一些临时的Android代码
（2）在Eclipse中，如果adb一直提示断开连接，可以用360手机助手连上手机，这时adb就能正常工作了
参考
Unity3D研究院之打开Activity与调用JAVA代码传递参数
Unity3D研究院之与Android相互传递消息
Creating a native Android plugin for Unity3d
Unity Android plugin tutorial