MyISAM：这个是默认类型，它是基于传统的ISAM类型，ISAM是Indexed Sequential Access Method (有索引的顺序访问方法) 的缩写，它是存储记录和文件的标准方法。与其他存储引擎比较，MyISAM具有检查和修复表格的大多数工具。 MyISAM表格可以被压缩，而且它们支持全文搜索。它们不是事务安全的，而且也不支持外键。如果事物回滚将造成不完全回滚，不具有原子性。如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择。
InnoDB：这种类型是事务安全的,它们还支持外键。InnoDB表格速度很快, 因此如果需要一个事务安全的存储引擎，建议使用它。如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表。对于支持事务的InnoDB类型的表，影响速度的主要原因是AUTOCOMMIT默认设置是打开的，而且程序没有显式调用BEGIN 开始事务，导致每插入一条都自动Commit，严重影响了速度。可以在执行sql前调用begin，多条sql形成一个事物(即使autocommit打开也可以)，将大大提高性能。
| MyISAM | InnoDB | |
| 构成上区别 |
每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。文件名为表名，扩展名为文件类型。 .frm 文件存储表定义；.MYD(MYData) 数据文件的扩展名； .MYI(MYIndex) 索引文件的扩展名。 |
基于磁盘的资源是InnoDB表空间数据文件和它的日志文件，InnoDB 表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为 2GB |
| 事务处理方面 | MyISAM类型的表强调的是性能，其执行速度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持。 |
InnoDB提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。 |
| 锁 | 表级锁 |
行级锁 InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%” |
| select、insert、update、delete操作 | 如果执行大量的 SELECT，MyISAM 是更好的选择。 |
1.如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表。 2.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。 3.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。 |
| 对于AUTO_INCREMENT类型的字段 | 必须包含只有该字段的索引 | 可以和其他字段一起建立联合索引 |
| InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。 | ||
| MyISAM类型的二进制数据文件可以在不同操作系统中迁移 | |
以下是一些细节和具体实现的差别：
- InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
- InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
- 对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
- DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
- LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。
综上所述，任何一种表都不是万能的，只有恰当的针对业务类型来选择合适的表类型，才能最大的发挥MySQL的性能优势。