fasta文件中DNA to RNA

同样的名为read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如：

>@r1
TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCGCGGCTTTTCCG
>@r2
NTTNTGATGCGGGCTTGTGGAGTTCAGCCGATCTGACTTATGTCATTACCTATGAAATGTGAGGACGCTATGCCTGTACCAAATCCTACAATGCCGGTGAAAGGTGCCGGGATCACCCTGTGGGTTTAT
>@r3
ATCGCCCGCAGACACCTTCACGCTGGACTGTTTCGGCTTTTACAGCGTCGCTTCATAATCCTTTTTCGCCGCCGCCATCAGCGTGTTGTAATCCGCCTGCAGGATTTTCCCGTCTTTCNGTGCCTTGNT
..........等等

第一种，利用replace()，dna_2_rna.py 代码如下：

#encoding = utf-8

"""
简介：fasta文件中dna to rna
作者：刘自军
date：2017年5月12日 20:59
"""

import sys
from collections import OrderedDict

args = sys.argv

tmp_dit = OrderedDict()

with open(args[1]) as f:
    for line in f:

        line = line.upper().strip('
')

        if line.startswith('>'):
            seq_id = line
            tmp_dit[seq_id] = ''
        else:
            tmp_dit[seq_id] = line.replace('T','U')
            #replace的用法为string.replace(old,new)

for seq_id,seq in tmp_dit.items():
    print ('%s
%s' %(seq_id,seq))

 或者：

#encoding = utf-8

"""
简介：求fasta文件中每个序列的反向序列，利用replace的方法，不事先定义字典，代码更简洁
作者：刘自军
date：2017年5月13日17：35
"""

import sys

args = sys.argv

with open(args[1]) as f:

    while True:
        line_1 = f.readline().strip('
')
        if not line_1:
            break
        line_2 = f.readline().strip('
').upper()
        line_2 = line_2.replace('T','U')

        print (line_1)
        print (line_2)

第二种，利用re.sub()，dna_2_rna.py 代码如下：

#encoding = utf-8

"""
简介：fasta文件中dna to rna 使用sub
作者：刘自军
date：2017年5月12日 20:59
"""

import sys
import re
from collections import OrderedDict

args = sys.argv

tmp_dit = OrderedDict()

with open(args[1]) as f:
    for line in f:

        line = line.upper().strip('
')

        if line.startswith('>'):
            seq_id = line
            tmp_dit[seq_id] = ''
        else:
            tmp_dit[seq_id] = re.sub('T','U',line)
            #re.sub(pattern,repl,string)
            #即re.sub(old,new,string)

for seq_id,seq in tmp_dit.items():
    print ('%s
%s' %(seq_id,seq))