http://blog.csdn.net/cubesky/article/details/39478207
在很多动画当中，模型的位置、角度往往会发生变化，我们需要决定是否将模型再动画中发生的这些变换应用到实际模型。Unity中有两个跟这个有关的设置。
1、
2、
这里如果看官方文档，理解起来会比较绕，特别是这两个设置的地方会相互影响。当然如果要是弄明白了里面的机制就好理解了。
我们首先来看这个“Bake into Pose".在untiy中将动画中的变换分成两种，Body Transform和Root Transform,我们可以设置动画中的关于模型的一些变换（平移、旋转等）是属于Body Transform（pose）还是Root Transform（trajectory）的一部分。这里的Bake into Pose 也就是将变换设置为Body Transform（pose）的一部分。我们可以这样去理解，如果是设置成Body Transform(pose)的话，就相当这些变换是属于动画本身的一部分，也就是说，不管设不设置Apply Root Motion，在场景中，我们都会看到模型位置或角度的变化。（因为Body Transform不影响模型实际的位置和角度，所以这里只是纯粹的动画效果，模型的位置和角度参数值不变），如果设置成Root Transform，Root Transform将影响模型的实际位置和角度（前提是要设置“Apply Root Motion”，如果不设置Apply Root Motion的话，也就是说变换将不应用，场景中的模型位置或角度是不会有变化的（参数值自然也不变），就像一个行走动画，可能一直在原地行走）。
然后我们来重点再看看这里的”Apply Root Motion".这里他会起到两个作用，首先最重要的是，决定是否应用Root Transform，如果应用的话，那么在动画的同时，模型的位置和角度会同时跟着变化。如果这里不勾选的话，那么就是说不应用Root Transform，这样我们所有的Root Transform都将不起任何作用。（也就相当于于所有没有Bake into Pose 的变换都没有用了）。
Apply Root Motion的第二个作用是在动画结束后，将Body Transform中的变化应用到模型（注意，这里是结束的时候才应用，也就是说动画的时候，模型的position、rorate等参数是不变的，当动画结束之后，开始新的动画之前才会改变，注意这里跟前面提到的Root Transform的区别）
上面就是关于Root Motion的理论，然后我们来个几个实际的场景。
比如说我们有一个人物行走的动画，我们来考虑一下几种情况（这里以“Root transform position(XZ)为例）
1、勾选”Bake into Pose",不勾选“Apply Root Motion",勾选”Bake into Pose"后，变换属于Body Transform，所以即使这里未勾选”Apply Root Motion“，但是动画依然会在场景中体现，人物会按照动画的路径行走（但是如果我们观察Inspector中模型的position参数，值一直不变）。但是因为没有勾选Apply Root Motion，所以动画结束后，变换不会应用到模型，所以如果这时候，如果开始一个新的动画的话，模型会瞬间回到起始位置（新的动画开始时候，模型处于行走动画开始时的位置）。
2、勾选”Bake into Pose",并勾选“Apply Root Motion"，这里跟上面的情况唯一不同的就是，动画结束后，开始新的动画之前，变换会应用到模型。（模型的position在新的动画开始之前会发生变化，新的动画开始时候，模型处于动画结束时的位置）
3、不勾选”Bake into Pose",勾选“Apply Root Motion"，这时候，变换是作为Root Transform，所以因为这里勾选了Apply Root Motion，变换会应用到模型（模型的position跟着动画不停的变化），自然，新的动画开始时候，模型处于动画结束时的位置。
4、不勾选”Bake into Pose",并且不勾选“Apply Root Motion"，这里变化还是作为Root Transform，但是因为没有勾选Apply Root Motion，所以变换将不被应用，所以模型将一直在本地不动，自然，新的动画开始时候，模型处于行走动画开始时的位置
参考：
http://ru.unity3d-docs.com/Documentation/Manual/Animator.html
http://ru.unity3d-docs.com/Documentation/Manual/RootMotion.html
http://ru.unity3d-docs.com/Documentation/Manual/ScriptingRootMotion.html