1、 在Eclipse中的project编译执行后，在文件夹bin以下有生成一些文件，当中classes.dex是未经过混淆生成的。而我们要混淆的话，就要又一次生成一个混淆过的classes.dex。本文主要讲如何手动生成混淆proguard。
2、 生成一个混淆过的classes.dex：要先对文件夹bin以下的classes文件夹（在Eclipse中看不到，系统文件管理中可查看）的class文件打包成jar, 再对jar进行proguard混淆，混淆后再用android dx 命令生成混淆的classes.dex。
3、 class文件打包成jar：控制台CMD进入classes文件夹，调用jar cvfM classes.jar android cn com，当中classes.jar是你要生成的jar包名称，android cn com 是指classes以下的文件夹
4、 对jar进行proguard混淆，首先确定你的project已经有混淆文件proguard.cfg。在android sdk文件夹下找到：C:android-sdk-windows oolsproguardinproguardgui.bat。
在InputOutput选项中，选择你的Add input…文件，上面打好的classes.jar，Add output命名你的输出混淆jar包(classes_out.jar)，在Library jars,wars,ears,zips and directories一栏中Add进你选择编译的android sdk版本号源包(C:android-sdk-windowsplatformsandroid-7android.jar)，再加入你的project中libs引用的第三方jar。
点击“process”，再点击“save configuration”，在弹出的对话框中，输入要保存的配置文件名(这里我的是test.pro)，最后点击“保存”。
用编辑器编辑刚才保存下来的“test.pro”，用记事本什么都能够。要里面有关的proguard信息替换成你project中定好的proguard.cfg内容，保存。
又一次打开progrard，运行 bin文件夹下的proguardgui.bat。
点击第一个选项“Proguard”，再点击“Load configuration”，选择我们刚才保存的“test.pro”进行载入。
開始混代码，点击右边“process”，再点击“process!”
在等待处理完毕后，输出的“classes_out.jar”，就是混过的jar包。
以上有关使用proguardgui.bat的參照自：http://java-server.iteye.com/blog/1166114
5、 对已经混淆的classes_out.jar包，放进project的bin文件夹下，生成classes.dex。
//android sdk文件夹下的platform-toolsdx.bat
事实上也能够直接用我之前公布的打包工具中的createUnsignedApk这种方法。
參看：http://blog.csdn.net/hytfly/article/details/24458133
这样生成classes.dex然后在签名打包的，就是混淆以后的代码了。
6.为了方便，事实上能够自己也写到那个打包工具中去打包。自己生成classes.jar和out.jar，然后再自己主动打包。分享两个方法：
/**
* 在bin下生成纯净的classes.jar文件
*/
public static void createJar(){
try{
System.out.println("create jar start");
Process process = null;
String cmd;
//相当于先cd到 -C的文件夹下，然后执行没有C的这部分语句，注意.代表当前文件夹
cmd = "cmd.exe /C jar cvf "+PROJECT_PATH+"bin\classes.jar "
+"-C "+PROJECT_PATH+"bin\classes .";
System.out.println(cmd);
process = Runtime
.getRuntime()
.exec(cmd); // 生成jar文件
new MyThread(process.getErrorStream()).start();
new MyThread(process.getInputStream()).start();
process.waitFor();
process.destroy();
System.out.println("create jar over"); // 一条渠道的打包完毕。文件会输出到指定文件夹
}catch(Exception e){
e.printStackTrace();
System.exit(0);
}
}
/**
* 在bin下生成混淆后的classes_out.jar文件（在PROGUARD_PATH配置文件里写）
* 执行proguard程序假设报错，请在cmd查看错误，可能是路径问题，自己改动proguard.bat文件
*/
public static void createProguardJar(){
try{
System.out.println("create ProguardJar start");
File file=new File(PROGUARD_PATH);
if(!file.exists()) System.out.println("not found "+PROGUARD_PATH);
file=new File(PROJECT_PATH+"bin\classes_out.jar ");
if(file.exists()) file.delete();
Process process = null;
String jarsigner;
jarsigner = androidSDK_PATH+"tools\proguard\bin\proguard.bat " +
"-include "+PROGUARD_PATH;
System.out.println(jarsigner);
process = Runtime
.getRuntime()
.exec(jarsigner); // 生成混淆后的jar文件
new MyThread(process.getErrorStream()).start();
new MyThread(process.getInputStream()).start();
process.waitFor();
process.destroy();
System.out.println("create ProguardJar over");
}catch(Exception e){
e.printStackTrace();
System.exit(0);
}
}再分享一下proguard.pro配置文件的一些方法：http://blog.csdn.net/yunyu5120/article/details/13024359 这个老兄写的ok了。