1.安装MatlabBridge插件
(1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager
(2)找到MatlabBridge,安装
2.配置MATLAB环境
(1)在模块处找到Developer Tools——Matlab——Matlab Modules Generator
(2)在Matlab executable处配置matlab.exe的路径(请确保计算机上安装有matlab,并且可以找到matlab.exe文件的位置);Matlab script directory的路径为存储.m文件的位置。
3.利用MATLAB函数(function)分割图像
(1)创建matlab module,在Module name处命名文件
(2)点击Generate module
(3)Matlab module包含三个文件:
•Matlabscript (*.m):Slicer调用的Matlab函数,该文件必须由用户定制,以执行所有必要的数据输入,处理和输出。
•Module descriptor(*.xml):模块描述符,该XML文件定义将在3D切片机中为模块显示的图形用户界面,该文件必须针对特定的Matlab函数进行自定义。
•Module proxy(* .bat):模块代理,该文件生成一次,不需要更改。
.m文件
.xml文件
(4)退出3D Slicer,重新打开
(5)打开样本数据,这里打开下载的MRHead数据
(6)在Module工具栏找到新建的matlab module,点击文件
(7)设置Input Volume为MRHead, Output Volume为Create new Volume
(8)点击apply按钮查看结果,如下图所示的结果
总结:3D Slicer调用matlab函数的方法使得图像处理可以更容易编程处理,方便像素级的处理。但是,也存在一定的难度。首先,安装MatlabBridge并且学会使用;其次,是需要明白其中参数的意义,才能更好的编写matlab函数处理图像;最后,需要明白在3D Slicer自带的功能下处理图像和matlab编程处理图像之间如何选择更简单有效的方式,也是十分重要的事情。