前言
本例使用的是asp.net中的webform项目，使用.net框架为.net3.5
操作步骤
正常的web项目发布步骤
发布方法:文件系统
目标位置:发布后的项目文件的路径，可自定义。
打开windows资源管理器，可以看到发布后的相关文件
打开VS2008的命令提示符工具
在命令提示符中输入 命令，并回车
参数说明：
aspnet_compiler.exe aspnet_compiler命令
-v 要编译的虚拟路径，这里表示根路径。
-p E:WebIISEIS 要编译的源Web项目所在文件夹。
E:WebIISEIS_Precompiled 编译目标文件夹。
-fixednames 每个.aspx与.ascx文件都编译生成单独的dll文件，并使用固定文件名。
注:执行前，需要将预编译文件夹中的内容清空，否则命令提示符窗口无法执行预编译操作。
回车执行。会执行一段时间。。。。。。
防止某些页面被遗漏
发布的文件夹-> E:WebIISEIS
预编译的文件夹-> E:WebIISEIS_Precompiled
全选E:WebIISEIS文件夹中的所有文件，复制到E:WebIISEIS_Precompiled。粘贴所有文件，按照提示复制和替换已存在的文件。
此时
预编译的文件夹-> E:WebIISEIS_Precompiled ，此文件夹中的文件即为发布到服务器上的文件。
将该文件夹压缩为EIS_Precompiled.zip，发送至服务器。再将压缩包解压，所有文件放置到IIS对应的文件夹中即可。
至此，asp.net程序的发布预编译结束。
预编译工具的选择
前言
本例中的项目是使用VS2010编写的，刚开始进行预编译操作是使用VS2010命令提示符进行的。
但是将预编译后的文件发布到服务器上后，竟然无法访问。
于是按照同事的操作步骤，安装了VS2008，使用VS2008命令提示符进行预编译操作。
但是又想着，只是为了预编译而安装了个VS2008，是不是太浪费资源了。
经百度得到简易方法。
原博文
http://blog.csdn.net/fer_ba/article/details/5766568
示例
(1)使用CMD命令提示符，进行操作。这种方法其实是VS2008命令提示符的手动执行操作。
第一步：切换到aspnet_compiler.exe所在目录
在“命令提示符”下，切换到所在目录“c:/windows/microsoft/framework/v2.0.50727”。
第二步：运行aspnet_compiler.exe预编译
Aspnet_Compiler -v test c:/tmp/test
-v是虚拟目录参数，test为虚拟目录名称，而c:/tmp/test是指先行编译后的程序文件的目的位置。
第三步：使用预编译后的网站
将预编译后的test目录Copy到正式网页服务器，部署网站。
但要注意：aspnet_compiler.exe不会对静态文件如：Web.config、文本文件和图片文件等进行编译，所以像数据库连接字符串请用aspnet_regiis.exe工具来进行加密。
网站预编译后，以后也不会触发重新动态编译，故请不要事后再加入新的.aspx文件，那样不会有任何作用。
按照本例的目录，进行实际的使用。经过预编译后的文件可以正常的访问。
(2)通过ClientBuildManager类进行编译
string vdir = "/MyDataSource"; //虚拟目录名称
string srcLocation = "c://Inetpub//wwwroot//VS2005IDE"; //来源位置
string tarLocation = "c://tmp//VS2005IDE"; //目标位置
System.Web.Compilation.ClientBuildManager cbm = new System.Web.Compilation.ClientBuildManager(vdir,srcLocation,tarLocation);
cbm.PrecompileApplication(); //预编译
按照本例的目录，进行实际的使用。经过预编译后的文件可以正常的访问。
其中有三个参数，
// 摘要:
// 使用指定的目标目录初始化 System.Web.Compilation.ClientBuildManager 类的新实例。
// 参数:
// appVirtualDir:
// 应用程序根目录的虚拟路径。
// appPhysicalSourceDir:
// 应用程序根目录的物理路径。
// appPhysicalTargetDir:
// 用于预编译的目标目录。
public ClientBuildManager(string appVirtualDir, string appPhysicalSourceDir, string appPhysicalTargetDir);
我将虚拟路径设置为空，应用程序根目录的物理路径设置为E:\WebIIS\EIS(程序发布的路径),预编译的目标目录，设置为E:\WebIIS\EIS_Precompiled(预编译后的目录)
总结
(1)前言
经过测试发现，使用VS2010和VS2008的命令提示符进行操作时，只有VS2008命令提示符的预编译结果可以执行。
在使用System.Web.Compilation.ClientBuildManager类进行预编译时，
发现其使用的dll文件目录就是在C:WindowsMicrosoft.NETFrameworkv2.0.50727目录中。
而我部署的IIS应用程序池的版本也是.net2.0
(2)猜测
而我使用VS2010时可能使用的是C:WindowsMicrosoft.NETFrameworkv4.0.30319aspnet_compiler.exe目录下的程序，然后和IIS的版本不一致导致的无法访问。
(3)为了验证这个猜测，
我使用.net4.0目录下的aspnet_compiler进行预编译，IIS环境仍然是.net2.0。运行结果如下,运行出错。
然后将IIS的.net版本修改为.net4.0进行测试,结果如下,仍然报错。
(4)百度寻找答案，搜索到相关问题。
原博文
https://www.2cto.com/kf/201109/103431.html
其中有着一段话:利用aspnet_compiler预编译，该程序工具两个版本， Framework2.0和4.0，位于WINDOWSMicrosoft.NETFramework版本号的文件夹内，前者适用于2.03.03.5的asp.net网站，后者是针对4.0及更高版本的asp.net。
而我使用的web程序使用的.net框架是.net3.5，
也就是得使用C:WindowsMicrosoft.NETFrameworkv2.0.50727aspnet_compiler.exe文件，
而非C:WindowsMicrosoft.NETFrameworkv4.0.30319aspnet_compiler.exe文件。
如此一来，上面使用.net4.0版本的预编译工具编译后，无法访问也就可以理解了。
(5)剩下的猜测
VS2008命令提示符工具调用的是.net2.0版本的aspnet_compiler预编译工具,
VS2010命令提示符工具调用的是.net4.0版本的aspnet_compiler预编译工具。
具体的验证，我也尝试去研究但是因为不懂bat脚本的语法，而无法进行下去。
(6)关于(5)猜测的验证
VS2008命令提示符的属性，其中目标的值:%comspec% /k ""C:Program Files (x86)Microsoft Visual Studio 9.0VCvcvarsall.bat"" x86
找到该vcvarsall.bat文件后，其内容为
@echo off if "%1" == "" goto x86 if not "%2" == "" goto usage if /i %1 == x86 goto x86 if /i %1 == amd64 goto amd64 if /i %1 == x64 goto amd64 if /i %1 == ia64 goto ia64 if /i %1 == x86_amd64 goto x86_amd64 if /i %1 == x86_ia64 goto x86_ia64 goto usage :x86 if not exist "%~dp0binvcvars32.bat" goto missing call "%~dp0binvcvars32.bat" goto :eof :amd64 if not exist "%~dp0binamd64vcvarsamd64.bat" goto missing call "%~dp0binamd64vcvarsamd64.bat" goto :eof :ia64 if not exist "%~dp0binia64vcvarsia64.bat" goto missing call "%~dp0binia64vcvarsia64.bat" goto :eof :x86_amd64 if not exist "%~dp0binx86_amd64vcvarsx86_amd64.bat" goto missing call "%~dp0binx86_amd64vcvarsx86_amd64.bat" goto :eof :x86_ia64 if not exist "%~dp0binx86_ia64vcvarsx86_ia64.bat" goto missing call "%~dp0binx86_ia64vcvarsx86_ia64.bat" goto :eof :usage echo Error in script usage. The correct usage is: echo %0 [option] echo where [option] is: x86 ^| ia64 ^| amd64 ^| x86_amd64 ^| x86_ia64 echo: echo For example: echo %0 x86_ia64 goto :eof :missing echo The specified configuration type is missing. The tools for the echo configuration might not be installed. goto :eof
再根据 %~dp0binvcvars32.bat，找到C:Program Files (x86)Microsoft Visual Studio 9.0VCinvcvars32.bat
其内容为
"%VS90COMNTOOLS%vsvars32.bat"
里面是bat脚本，研究终止。
所以，我仍无法解释原因。
还望知晓者能告知，以解我迷惑之处。