一个系统只有进行好的维护，才能发挥出好的效果。那么，对于DOS系统，应当如何维护呢？
首先，要定期检查磁盘的错误。DOS下有许多命令可以用来检查磁盘，如CHKDSK，SCANDISK等。而一个更强大的磁盘工具则是Norton的Disk Doctor（磁盘医生），它有着友好的界面和强大的功能，可在本站的“磁盘工具”中下载。只有定期检查磁盘，才能保证磁盘使用的稳定性。
其次，要定期检查病毒。计算机病毒是一种能严重危害系统安全和数据完整的破坏性程序，如果任其发作，可能会造成严重的损失。所以，定期检查病毒是非常重要和必要的。要检查病毒，需要使用好的杀病毒软件，而且注意经常升级病毒库，否则起不到应有的效果。实用的DOS下杀毒软件有F-PROT，Norton AntiVirus，KV3000等，尤其是前面的F-PROT和NAV，皆由世界著名的大公司推出，而且正在不断地更新，所以效果非常好，可以在本站的“杀毒软件”中下载。然而，由于新的病毒是在不断地出现的，所以应定期下载这些杀毒软件的新的病毒库，以达到最好的较果。当然，光使用杀毒软件，却不注意防范，也是不行的。防毒通常比杀毒更有效，因为防毒可以大大减少病毒感染的可能性。防毒的方法有多种，如使用病毒防火墙程序，不要使用来历不明的软件等。通过这些方法，病毒通常无法侵入。
然后，要定期备份重要的数据。因为即使采用了前面的两种措施，也只能大大降低数据被破坏的可能性，而不是高枕无忧了。由于误操作或硬件故障等原因造成的数据丢失情况随时都可能发生。因此，备份数据就十分必要了。通常可将它们备份到软盘或其它硬盘中以防不测，以免到时后悔莫及。对于磁盘分区表和引导记录等，也应该备份下来，很多工具都可以做到，如SRC Tools、BFHF等等。尤其是SRC Tools，使用起来非常方便，可以在本站的“磁盘工具”中下载，本站的“DOS文章”栏目中还有它的详细使用方法介绍的文章。
当然，还需要进行一些其它维护，如定期整理磁盘碎片，删除垃圾文件，以及将文件和软件归类以方便使用等。
对于系统配置的维护也是非常重要的，也可以使用一些工具软件来进行自动维护，如用MEMMAKER等。这样可以有效地节省时间和精力。