单因子指数法是通过计算超标指数来确定评价等级的方法，在针对单因子进行评价分析时，常常选用单因子指数法。若评价对象区域的一类水质污染物对水质影响较大且所占比例较大时，通过单因子指数法可以分析出水环境质量的大体情况。
单因子污染指数法是将某种污染物实测浓度与该种污染物的评价标准进行比较以确定水质类别的方法。即将每个水质监测参数与其评价标准进行比较，确定水质类别，最后选择其中最差的水质单项指标所属类别来确定所测区域水体综合水质类别，而弱化其他因子的作用。通过单因子污染指数评价可确定地下水体中的主要污染因子。
该方法的优势在于概念明确、计算简单，通过水质监测数据可以直观体现出水质指标污染程度，然后计算每一个污染因子的超标指数，并将计算结果中最坏的指标评价级别作为整体水质的评价等级。不过这种评价方法较为消极，因为在所有评价指标中，只要有一项指标相对污染程度较大，则无需考虑余下因子的污染评价等级，得到的最终评价结果中水质等级都比较低，该方法应用于水质评价时一定程度上不能反映出水体的整体水质，因此一般与其他方法结合使用才能发挥其效益。
水质的单因子污染指数 Pi 的计算公式为: Pi = Ci /Si
式中: Ci 为第 i 种水质指标的实测浓度( mg /L) ; Si 为第 i 种水质指标的评价标准( mg /L) 。
以单因子指数评价为基础，可以分析出水质平均污染指数（Water Quality Index，WQI），从而分析出评价对象污染程度，计算公式如下：
其中n为污染指标个数