• 【转】Bash脚本实现批量作业并行化


    首先附上自己常用的代码

    ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    #定义并发进程数量
    PARALLEL=xx


    #定义临时管道文件名
    TMPFILE=$$.fifo


    #定义导出配置文件全路径名
    CMD_CFG=${xx}


    #定义失败标识文件
    FAILURE_FLAG=failure.log


    ####################### 函数定义 ########################
    # 中断时kill子进程
    function trap_exit
    {
    kill -9 0
    }


    # 通用执行函数
    exec_cmd()
    {

    # 此处为实际需要执行的命令,本例中用sleep做示例

    xxxxxx


    if [ $? -ne 0 ]
    then
    echo "命令执行失败"
    return 1
    fi
    }
    trap 'trap_exit; exit 2' 1 2 3 15


    #清理失败标识文件
    rm -f ${FAILURE_FLAG}


    #为并发进程创建相应个数的占位
    mkfifo $TMPFILE
    exec 4<>$TMPFILE
    rm -f $TMPFILE
    {
    count=$PARALLEL
    while [ $count -gt 0 ]
    do
    echo
    let count=$count-1
    done
    } >&4


    #从任务列表 seq 中按次序获取每一个任务
    while read SEC
    do
    read <&4
    ( exec_cmd ${SEC} || echo ${SEC}>>${FAILURE_FLAG} ; echo >&4 ) &
    done<$CMD_CFG
    wait
    exec 4>&-

    #并发进程结束后判断是否全部成功
    if [ -f ${FAILURE_FLAG} ]
    then
    echo "没有全部成功"
    else
    echo "全部成功"
    fi

    -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

    在Linux下运行作业时, 经常会遇到以下情形: 有大量作业需要运行, 完成每个作业所需要的时间也不是很长. 如果我们以串行方式来运行这些作业, 可能要耗费较长的时间; 若采用并行方式运行则可以大大节约运行时间. 再者, 目前的计算机绝大部分都是多核架构, 要想充分发挥它们的计算能力也需要并行化. 总结网上看到的资料, 利用Bash脚本, 可以采用下面几种方法实现批量作业的并行化. 注意, 下面论述中将不会区分进程和线程, 也不会区分并行和并发.

    1. 采用GNU的paralle程序

    parallel是GNU专门用于并行化的一个程序, 对于简单的批量作业并行化非常合适. 使用parallel不需要编写脚本, 只需在原命令的基础上简单地加上parallel就可以了. 所以, 如果能用paralle并行化你的作业, 请优先使用. 有关paralle的详细说明, 请参考其官方文档.

    2. 最简单的并行化方法: &+wait

    利用Bash的后台运行&wait函数, 可实现最简单的批量作业并行化. 如下面的代码, 串行执行大约需要10秒

    # Language: bash
    for((i=1; i<=3; i++)); do {
    	sleep 3
    	echo "DONE!"
    } done

    改为下面的简单并行代码理想情况下可将运行时间压缩到3秒左右

    # Language: bash
    for((i=1; i<=3; i++)); do {
    	sleep 3
    	echo "DONE!"
    } & done
    wait
    3. 进程数可控的并行化方法(1): 模拟队列

    使用Bash脚本同时运行多个进程并无困难, 主要存在的问题是如何控制同时运行的进程数目. 上面的简单并行化方法使用时进程数无法控制, 因而功能有限, 因为大多数时候我们需要运行的作业数远远超过可用处理器数, 这种情况下若大量作业同时在后台运行, 会导致运行速度变慢, 并行效率大大下降. 一种简单的解决方案就是模拟一个限定最大进程数的队列, 以进程PID做为队列元素, 每隔一定时间检查队列, 若队列中有作业完成, 则添加新的作业到队列中. 这种方法还可以避免由于不同作业耗时不同而产生的无用等待. 下面是根据网上的代码改写的一种实现. 实用性更强的代码, 请参考原文.

    # Language: bash
    Njob=10    # 作业数目
    Nproc=5    # 可同时运行的最大作业数
    
    function CMD {        # 测试命令, 随机等待几秒钟
    	n=$((RANDOM % 5 + 1))
    	echo "Job $1 Ijob $2 sleeping for $n seconds ..."
    	sleep $n
    	echo "Job $1 Ijob $2 exiting ..."
    }
    function PushQue {    # 将PID压入队列
    	Que="$Que $1"
    	Nrun=$(($Nrun+1))
    }
    function GenQue {     # 更新队列
    	OldQue=$Que
    	Que=""; Nrun=0
    	for PID in $OldQue; do
    		if [[ -d /proc/$PID ]]; then
    			PushQue $PID
    		fi
    	done
    }
    function ChkQue {     # 检查队列
    	OldQue=$Que
    	for PID in $OldQue; do
    		if [[ ! -d /proc/$PID ]] ; then
    			GenQue; break
    		fi
    	done
    }
    
    for((i=1; i<=$Njob; i++)); do
    	CMD $i &
    	PID=$!
    	PushQue $PID
    	while [[ $Nrun -ge $Nproc ]]; do
    		ChkQue
    		sleep 1
    	done
    done
    wait
    一个更简洁的方法是记录PID到数组, 通过检查PID存在与否以确定作业是否运行完毕. 可实现如下
    # Language: bash
    Njob=10    # 作业数目
    Nproc=5    # 可同时运行的最大作业数
    
    function CMD {        # 测试命令, 随机等待几秒钟
    	n=$((RANDOM % 5 + 1))
    	echo "Job $1 Ijob $2 sleeping for $n seconds ..."
    	sleep $n
    	echo "Job $1 Ijob $2 exiting ..."
    }
    
    PID=() # 记录PID到数组, 检查PID是否存在以确定是否运行完毕
    for((i=1; i<=Njob; )); do
    	for((Ijob=0; Ijob<Nproc; Ijob++)); do
    		if [[ $i -gt $Njob ]]; then
    			break;
    		fi
    		if [[ ! "${PID[Ijob]}" ]] || ! kill -0 ${PID[Ijob]} 2> /dev/null; then
    			CMD $i $Ijob &
    			PID[Ijob]=$!
    			i=$((i+1))
    		fi
    	done
    	sleep 1
    done
    wait
    3. 进程数可控的并行化方法(2): 命名管道

    上面的并行化方法也可利用命名管道来实现, 命名管道是Linux下进程间进行通讯的一种方法, 也称为先入先出(fifo, first in first out)文件. 具体方法是创建一个fifo文件, 作为进程池, 里面存放一定数目的”令牌”. 作业运行规则如下: 所有作业排队依次领取令牌; 每个作业运行前从进程池中领取一块令牌, 完成后再归还令牌; 当进程池中没有令牌时, 要运行的作业只能等待. 这样就能保证同时运行的作业数等于令牌数. 前面的模拟队列方法实际就是以PID作为令牌的实现.

    据我已查看的资料, 这种方法在网络上讨论最多. 实现也很简洁, 但理解其代码需要的Linux知识较多. 下面是我改写的示例代码及其注释.

    # Language: bash
    Njob=10    # 作业数目
    Nproc=5    # 可同时运行的最大作业数
    
    function CMD {        # 测试命令, 随机等待几秒钟
    	n=$((RANDOM % 5 + 1))
    	echo "Job $1 Ijob $2 sleeping for $n seconds ..."
    	sleep $n
    	echo "Job $1 Ijob $2 exiting ..."
    }
    
    Pfifo="/tmp/$$.fifo"   # 以PID为名, 防止创建命名管道时与已有文件重名,从而失败
    mkfifo $Pfifo          # 创建命名管道
    exec 6<>$Pfifo         # 以读写方式打开命名管道, 文件标识符fd为6
                           # fd可取除0, 1, 2,5外0-9中的任意数字
    rm -f $Pfifo           # 删除文件, 也可不删除, 不影响后面操作
    
    # 在fd6中放置$Nproc个空行作为令牌
    for((i=1; i<=$Nproc; i++)); do
    	echo
    done >&6
    
    for((i=1; i<=$Njob; i++)); do  # 依次提交作业
    	read -u6                   # 领取令牌, 即从fd6中读取行, 每次一行
                                   # 对管道,读一行便少一行,每次只能读取一行
                                   # 所有行读取完毕, 执行挂起, 直到管道再次有可读行
                                   # 因此实现了进程数量控制
    	{                          # 要批量执行的命令放在大括号内, 后台运行
    		CMD $i && {            # 可使用判断子进程成功与否的语句
    			echo "Job $i finished"
    		} || {
    			echo "Job $i error"
    		}
    		sleep 1     # 暂停1秒,可根据需要适当延长,
                        # 关键点,给系统缓冲时间,达到限制并行进程数量的作用
    		echo >&6    # 归还令牌, 即进程结束后,再写入一行,使挂起的循环继续执行
    	} &
    
    done
    
    wait                # 等待所有的后台子进程结束
    exec 6>&-           # 删除文件标识符

    注意:

    (1) exec 6<>$Pfifo 这一句很重要, 若无此语句, 向$Pfifo写入数据时, 程序会被阻塞, 直到有read读出了文件中的数据为止. 而执行了此语句, 就可以在程序运行期间不断向文件写入数据而不会阻塞, 并且数据会被保存下来以供read读出.

    (2) 当$Pfifo中已经没有数据时, read无法读到数据, 进程会被阻塞在read操作上, 直到有子进程运行结束, 向$Pfifo写入一行.

    (3) 核心执行部分也可使用如下方式

    # Language: bash
    for((i=1; i<=$Njob; i++)); do
    	read -u6
    	(CMD $i; sleep 1; echo >&6) &
    done
    

    {}和()的区别在shell是否会衍生子进程

    (4) 此方法在目前的Cygwin(版本1.7.27)下无法使用, 因其不支持双向命名管道. 有人提到一个解决方案, 使用两个文件描述符来替代单个文件描述符, 但此方法我没有测试成功.

    参考资料

    1. 简洁的模拟队列方法实现

      shell里如何实现”多线程”?

    2. 模拟队列方法, 实用性更强的代码

      A srcipt for running processes in parallel in Bash

    3. 命名管道方法及其解释
    4. Cygwin下双向命名管道的问题: bi-directional named pipe

    原文:http://jerkwin.github.io/2013/12/14/Bash脚本实现批量作业并行化/

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