primer漏配问题解决

在对之前的ITS数据(454数据)做split时，发现有一些reads没有被匹配上，但是barcode能够完全匹配，虽然之后的primer在中间漏了一个碱基，导致后面的碱基全部误匹配，从而导致这条reads没有被匹配上的问题。

终于解决Qiime的问题后，使用 split_libraries.py 做切分，发现同样有这样的问题，Qiime并没有解决漏匹配的问题。

考虑如果用正常方法去做的话，对较小的异常数据需要花费N倍于正常数据的计算资源(包括硬件资源和运行时间)，对于这个问题来说是非常不明智的。

由于primer长度在20左右，我的解决办法是，取末端6个碱基，在reads的这6个碱基相应位置左移1-2位，作为漏匹配1-2位的替代处理，这样既解决了漏匹配的问题，而且还能够使原正常的数据匹配速度进一步加快。

#!/usr/bin/perl
use strict;

my $usage = "usage:
split.pl	mapfile	.fa_file	outprefix
";
die $usage unless @ARGV==3;

my $mapfile = shift @ARGV;
my $fafile = shift @ARGV;
my $outprefix = shift @ARGV;

my %barcode;my $barcode_length = 0;
my %primer;my $primer_length = 0;
open MAP,$mapfile or die $!;
while(<MAP>){
    chomp;
    next if /^#/;
    my @a = split /s+/;
    $barcode{$a[0]} = $a[1];
    $barcode_length = length($a[1]) unless $barcode_length;
    die "barcode length do not match!" unless ($barcode_length == length($a[1]));
    $primer{$a[0]} = $a[2];
    $primer_length = length($a[2]) unless $primer_length;
    die "primer length do not match!" unless ($primer_length == length($a[2]));

    print "$barcode_length	$primer_length
";
}
close MAP;

my %fa;
open FA,$fafile or die $!;
$/ = ">";
<FA>;
while(<FA>){
    chomp;
    my @a = split /
/;
    my $id = shift @a;
    my $seq = join ("",@a);
    @a = split (/s+/,$id);
    $id = shift @a;
    $fa{$id} = $seq;
}
$/ = "
";
close FA;

open OUT,">$outprefix.fna" or die $!;
foreach my $id (sort keys %fa){
    foreach my $sample (sort keys %barcode){
        my $seq = substr($fa{$id},0,$barcode_length);# print "$seq
";
        if ($barcode{$sample} eq $seq){
    #        print "barcode matched
";
            my $pri0 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-6,6);
            my $pri1 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-7,6);
            my $pri2 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-8,6);
            my $pri = substr($primer{$sample},$primer_length-6,6);
            if ($pri0 eq $pri){
                my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length);
                print OUT ">$sample	$id
$s
";
                last;
            }
            if($pri1 eq $pri){
                
                my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-1,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length+1);
                print OUT ">$sample	$id
$s
";
                last;
            }
            if($pri2 eq $pri){
                my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-2,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length+2);
                print OUT ">$sample	$id
$s
";
                last; 
            }
        } 
    }
}
close OUT;