1.参考流程：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1MjU5MjMzNA==&mid=2247484466&idx=1&sn=24b0bbb405afd1b5deec696811c116ef&chksm=e9e02d93de97a4859122c4cff5d3b30de59c2f89cc4267b737a410642177a21b3c09f48e4155&scene=21#wechat_redirect
参考文献：
A survey of best practices for RNA-seq data analysis
Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis
2.根据上述网站，自己实战的一些情况；关于软件的安装这块，经过自己的填坑经验，建议大家使用
bioconda来安装相应的生物学软件。（bioconda的使用参见网站：https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567 以及 http://python.jobbole.com/86236/）
3.根据参考文章下载相应的数据：（NCBI-GEO数据库）
4.下载参考基因组（UCSC/NCBI/）
5.数据的格式转换及fastqc质控（参考：http://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442617.html）
6.利用HISAT2建立索引文件：hisat2-build -p 2 genome.fa genome（参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-759995-990471.html）
7.利用HISAT2进行序列比对：hisat2 -p -x genome -1 SRR35899_1.fastq.gz -2 SRR35899_2.fastq.gz -S SRR35899.sam (我的数为双末端测序结果)
8.利用上述命令得出的结果发现：比对率很低，解决办法参考网站（https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483891&idx=1&sn=b7944d4c1bd5cd651bcc4bdf92e9266b&scene=21#wechat_redirect）
该网站上有一个参数--local，本人刚开始照着做时，命令如下：
hisat2 -p -5 5 -3 10 --local -x genome -1 SRR35899_1.fastq.gz -2 SRR35899_2.fastq.gz -S SRR35899.sam
然后程序就报错了，提示没有--local这个参数。去掉该参数重跑，OK，正确。【所以说，有时候具体问题具体分析】