• 测序分析软件-phred的安装


    1.进入phred官网,给作者写信,获得所需的软件,大约需要两三天的时间即可收到回信。

    2.根据作者的指示下载,解压相应软件。

    3.以笔者本人的安装为例unbuntu系统(phred自带的installtion太麻烦了)

    4.新建文件夹:

    mkdir phred

    5:将下载的压缩文件移到新建的文件夹中:

    mv phred-dist-071222.c-acd.tar.gz

    6.解压文件

    tar -zxvf phred-dist-071220.c-acd.tar.gz

    7.编译一下:

    make

    8:添加环境变量:

    在home目录下:vi .bashrc添加一下三行内容:

    export PATH=/home/lmt/desktop/phred:$PATH
    PHRED_PARAMETER_FILE=/home/lmt/desktop/phred/phredpar.dat
    export PHRED_PARAMETER_FILE

    9:激活刚添加的环境变量:

    source .bashrc

    10:检验一下我们安装的Phred是否安装好了及环境变量添加好了

    在任何路径下(非phred所在路径)输入一下命令:

    phred -help

    如果安装正确,路径添加正确,就会出现phred的用法提示。

    11:安装完成。

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/6915932.html
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