当一个web应用程序完成后，部署到iis中有以下几种方式：
源码部署：
就是把工程内的文件原封不动的Copy到iis中。当有请求的时候，asp.net会在编译目录的根目录下寻找一个以.compiled为扩展名的保留文件（Preservation File）。每一个Page页面都会有一个对应的保留文件。保留文件只会存在于编译根目录下。里面记录了Page类编译后的相关信息。如果没有，则会对请求的页面进行动态编译。编译生成dll的目录一般是C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727 \Temporary ASP.NET Files。编译的范围是以目录为单位。编译的过程是将前台aspx页面与后台cs页合并生成dll，并在编译目录的根目录下生成一个保留文件。如果有，则判断从上一次编译后相关源代码是否进行过修改，如果修改过了，则再次编译。最后通过保留文件提供的信息来加载编译后的程序集及以后操作。
比如一个default.aspx页面。在dll中会产生两个与其对应的类：default与default_aspx。其中前者只编译了后台cs代码，后者才是default.aspx页面的最终体现。
优点：最灵活。
缺点：很差安全性。首次访问很慢
可更新的预编译部署：
这种方式会将所有后台cs文件编译到一个dll程序集中，当有请求时，会对相应的前台aspx文件与dll程序集中相应的类进行动态编译。
但是以这种方式生成的dll与完全动态生成的Dll有所不同：比如一个default.aspx页面，在bin目录中的dll里只会有 default类，没有default_aspx类，因为只是部份编译。等到对default.aspx页面进行了访问后，会在Temporary ASP.NET Files目录下生成另一个dll文件，此文件只包含default_aspx类，也就是说，只编译后台cs代码所生成的类与最终aspx与cs合并后生成的类不在一个程序集里面。
优点：灵活。
缺点：较差安全性。首次访问慢。
不可更新的预编译部署：
这种方式会将所有前台aspx与后台cs文件编译到一个dll程序集中，但还是会留下aspx占位文件。当有请求时，直接进行操作。
优点：不灵活。
缺点：无首次访问慢的问题。
参考的文章：
ASP.NET2.0编译模型
http://www.cnblogs.com/papaya73/archive/2008/07/04/1235977.html
深入剖析ASP.NET的编译原理之一：动态编译（Dynamical Compilation）
http://www.cnblogs.com/artech/archive/2007/05/21/753620.html
深入剖析ASP.NET的编译原理之二：预编译（Precompilation）
http://www.cnblogs.com/artech/archive/2007/05/26/760292.html