将知识以书籍的形式来整理是比较好的选择。
具体思想是什么呢？
聚焦一类知识，比如说泛函分析，概率论。这些分类可以借鉴当下的书籍。然后创建一个文件夹，在里面制定好各种知识结构。以后只要理解了到该知识的精髓而且有时间，就改动编辑，旨在建立一个学科思想体系。
对个人而言，公认的写的再好的书籍也不如把自己讲明白的书籍好。
这样做有几大优点：
1，能够在长时间下保留自己的记忆，使得之前的劳动不会白费。设想一下，如果你东记一坨，西放一堆，那么几年过去之后，你想要系统的复习之前学过的知识，那就不太容易了。
2，能够及时补充知识，更新具有继承性，思想具有体系性。
3，写word时可以让你静下心仔细想想自己有没有真正理解此知识。
4，参考自己写的知识，会形成反馈，迫使自己查相关的书籍解决更深的知识。
缺点：
当下会感觉到很麻烦，但是随着时间的延长，你会发现越来越爽。
最后我认为大多数人每天学的知识，大多数都是重复劳动。比如有一些知识之前已经了解到了，但是当时没有仔细的思考或是没有弄懂，随便找个理由给糊弄过去了，现在就是在还债。亦或是之前已经学懂了，但是系统性的东西已经忘记，只记得枝叶，不记得主干了，所谓一叶障目不知泰山，如果这时候想去找之前看过的零零散散的资料，会有一种心累的感觉。这些都是没有高效知识管理的结果。每天花一定的时间，将自己这一天学的东西整理一下，比多看几篇文章强。
知识都是语言描述的，所以有简有繁之分。但是我认为，把长变短，化简为易，是一种本领，是一种思维的优势。
对于理工科我建议的文件目录：
数学体系是从数学的角度来讲的，侧重于数学的体系性，连贯性；
工程问题是以工程理论的角度对一些实际问题的进行描述和解决；
实际实现是以工具自身的角度对一些工具的使用，以及一些代码实现的解释；
上面这三部分基本上也可以算科研的三部曲。