• Illumina Sequence Identifiers 序列标识符 index详解


    大家基本都知道什么是 FASTA 和 FastQ 格式了,但这是不够的。

    我们还需要了解世界上最大的测序公司自己定制的 FastQ 格式,因为你可能会经常用到,有时还会亲自去处理它们。

    本文主题:Illumina 测序数据中的 Index

    Fastq格式详解

    @FCHCGKFBCXY:1:1101:1110:2162#AACAGCACCTAGCA_GTAGTGCG/1
    ATGTATACTATTGTATGTGAAATGGATCACCAGTCCAGGTTCAACGCCCGAGACAGGGTGCTCAGGGCTGGTGCACTGGATGACCCTGAGGGACGGGATG
    +
    cccccggegghgbgggggdfgdegfhggggdgfdgghdgggghfghhhhhghhgggdgdgghhhhghhhgghfhghdPcdgPc_dfghbdgfghhhhhgg
    @FCHCGKFBCXY:1:1101:1077:2164#NNNNNNNNNNNNNN_NNNNNNNN/1
    TGCTGAGCATCAGATCAACCTGATTAAGGTTGATGACAACAAGAAACTAGGGGAATGGGTAGGCCTCTGTAAAANNGANANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
    +
    ccccchhhhhhhhghhgfgghhhhhhhghhhhhhhhhhhhghhhgghghhhhgghgd_gggghhgghghhhghhBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB

    ILLUMINA SEQUENCE IDENTIFIERS

    @HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1

    HWUSI-EAS100R:the unique instrument name

    6:flowcell lane

    73:tile number within the flowcell lane

    941:‘x’-coordinate of the cluster within the tile

    1973:‘y’-coordinate of the cluster within the tile

    #0:index number for a multiplexed sample (0 for no indexing)

    /1:the member of a pair, /1 or /2 (paired-end or mate-pair reads only)

     

    有了index就可以同时在一个lane中测多种数据了,后期可以根据index将数据分开。

  • 相关阅读:
    JQuery checkbox全选多次点击后无效解决方法
    mongodb更新数据
    EasyUI--datebox设置默认时间
    转载:MyEclipse中防止代码格式化时出现换行的情况的设置
    Java 多维数组 按某列 排序
    Java Entry使用
    matlab使用reshape时按照列优先原则取元素和摆放元素
    boost--signal
    boost--function
    boost--bind
  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/leezx/p/6407307.html
Copyright © 2020-2023  润新知