理解单细胞数据的本质,一个matrix,以及行与列的annotation。
一个最不友好的格式就是loom,只能用python来读取,存储为CSV。
project/scPipeline/public/Linnarsson_2020_developing_mouse_brain/getData_from_loom.ipynb
其次就是scanpy的adata,也需要特殊的python来导出到R。
project/Data_center/analysis/ApcKO_multiomics/Allen_MIRA.ipynb#
R和python的版本重大升级真TM恶心
之前的项目还在进行,没法全部重新安装,否则结果可能无法重现
不装新的版本,最新的功能又无法使用,真TM操蛋!
旧版本总有死掉的那一天,更新的最佳契机就是换设备
一个最基本的问题,生信工具要不要用最新的版本?
永恒的痛苦抉择!
待续~