若冲水时马桶盖打开，马桶内的瞬间气旋最高可以将病菌或微生物带到6米高的空中，并悬浮在空气中长达几小时，进而落在墙壁和牙刷、漱口杯、毛巾上，进而成为疾病之源。因而冲马桶时必须盖上马桶盖。
如何注意马桶卫生？
首先，马桶圈应勤洗。马桶圈上有多种痢疾杆菌，有的能存活多日。同时，不少人冬天喜欢在马桶上套个绒布垫圈，这样更容易吸附、滞留排泄污染物，传播疾病的可能性更大。因而马桶圈每隔一两天就应清洗一次。
其次，马桶内的黄斑污迹需及时清洗。除了管道口附近，马桶内缘出水口处和底座外侧都是藏污纳垢的地方，清洗需彻底。
第三，马桶边尽量不设废纸篓。纸篓中的厕纸存放，易造成细菌随空气扩散。存放时间越长，滋生的细菌就越多。一般的厕纸，可丢进马桶内冲走；有需要时，可用卫生袋代替废纸篓；如果一定要用废纸篓，也要选带盖子的，以防细菌散播。
第四，马桶刷要保持清洁干燥。每次刷完污垢，最好随手冲洗干净，把水沥干，喷洒消毒液，完毕后最好把马桶刷挂起来，不要随便放不透风的容器里。
砖家证实：人体排泄物中确实存在一些病菌，但是冲厕所瞬间是否会将病菌带到空气中，目前尚未做系统实验。但盖上马桶盖冲水理论上更卫生一些。