MessageDigest的选择好多，包括MD2、MD4、MD5、SHA-1、SHA-256、RIPEMD128、RIPEMD160等等。我们如何选择呢？
选择考虑在两个方面：安全、速度。
MD2很安全，但是速度极慢，一般不用。
速度方面，最快的是MD4，MD5比SHA-1快
速度排名：MD4 > MD5 > RIPEMD-128 > SHA-1 > REPEMD-160
按照《应用密码学手册》提供的表格数据为：
MD4 长度 128 相对速度 1
MD5 长度 128 相对速度 0.68
REPEMD-128 长度 128 相对速度 0.39
SHA-1 长度 160 相对速度 0.29
REPEMD-160 长度 160 相对速度 0.24
我亲自测试的结果和《应用密码学手册》提供的数据接近。
MD4已经很早证明有缺陷，很少使用，最流行的是MD5和SHA-1，但MD5和SHA1也被王小云找到碰撞，证实不安全。
传说SHA-1比MD5要安全，但是SHA-1有美国国家安全局的背景，有人怀疑这个算法背后有不可告人的秘密，我也是阴谋论者之一，倾向选择MD5而不是SHA-1。王小云找到SHA-1碰撞之后，可以说传说的谣言破灭了，而且MD5速度要比SHA-1快差不多一倍，没有什么理由选择SHA-1。
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在Java的现实环境中是怎样？
在SUN的JCE实现中，只提供了MD2、MD5、SHA-1，SHA-256等常用的MessageDigest算法。
开源的JCE实现bouncycastle则提供了众多的实现，包括MD整个系列，SHA整个系列，RIPEMD整个系列。
很多的开源项目都带一个bcprov-jdk14.jar的包，可以说bouncycastle应用很广泛。SUN公司的一些项目也用了bouncycastle，例如JXTA。
但实际上，SUN的实现包括了MD4，但你需要这样使用：
MessageDigest md = sun.security.provider.MD4.getInstance();
但是，JDK带实现性能要比bouncycastle性能好得多，相差速度通常超过一倍以上，我测试过MD5、SHA1和MD4，其性能差别都是类似，一倍多。
比较的结论：
bouncycastle开源免费，提供算法多，但速度较慢
SUN JCE提供的实现，包括了流行常用算法，速度很快，同类型算法比bouncycastle要快一倍以上。
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结论：
又要安全又要速度，选择MD5
追求安全，不在意速度，相信传说，不相信阴谋论，选择SHA系列
追求速度，安全次之，可以选择MD4。
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现实例子：
emule采用MD4和SHA-1两种结合使用
apache之类的技术网站，提供下载的文件，同时提供一个校验文件.md5