1. InnoDB 引擎
MySQL 5.5 及以后版本中的默认存储引擎，它的优点如下：灾难恢复性好，支持事务，使用行级锁，支持外键关联，支持热备份。
InnoDB引擎中的表，其数据的物理组织形式是簇表（Cluster Table），主键索引和数据是在一起的，数据按主键的顺序物理分布。实现了缓冲管理，不仅能缓冲索引也能缓冲数据，并且会自动创建散列索引以加快数据的获取。
2. MyISAM引擎
它的特性如下：不支持事务；使用表级锁，并发性差；主机宕机后，MyISAM表易损坏，灾难恢复性不佳；可以配合锁，实现操作系统下的复制备份、迁移；只缓存索引，数据的缓存是利用操作系统缓冲区来实现的。可能引发过多的系统调用且效率不佳；数据紧凑存储，因此可获得更小的索引和更快的全表扫描性能。
上面这两个是最常用的Mysql引擎。它们两者的主要区别：InnoDB支持事务，MyISAM不支持；MyISAM适合查询以及插入为主的应用，InnoDB适合频繁修改以及涉及到安全性较高的应用；InnoDB支持外键，MyISAM不支持；清空整个表时，InnoDB是一行一行的删除，效率非常慢。MyISAM则会重建表；InnoDB支持行锁，MyISAM的全表锁；InnoDB中不保存表的行数，如select count(*) from table时，InnoDB需要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含where条件时MyISAM也需要扫描整个表。
总之：MyISAM类型不支持事务处理等高级处理，而InnoDB类型支持；MyISAM类型的表强调的是性能，其执行速度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持，而InnoDB提供事务支持已经外部键等高级数据库功能。
3. MEMORY 存储引擎
提供内存表，也不支持事务和外键。显著提高访问数据的速度，可用于缓存会频繁访问的、可以重构的数据、计算结果、统计值、中间结果。但是它使用表级锁，虽然内存访问快，但如果频繁的读写，表级锁会成为瓶颈；只支持固定大小的行；不支持TEXT、BLOB字段。当有些查询需要使用到临时表（使用的也是MEMORY存储引擎）时，如果表中有TEXT、BLOB字段，那么会转换为基于磁盘的MyISAM表，严重降低性能。