RNA-Seq数据去接头(Adapter)

1、adapter是一段短的序列已知的核酸链，用于链接序列未知的目标测序片段。

2、barcode，也称为index，是一段很短的寡居核酸链，用于在多个样品混合测序时，标记不同的样品。

3、insert是用于测序的目标片段，因为是包括在两个adapter之间，所以被称为“插入”片段。

一个常见测序片段类似与adapter--barcode--insert--adapter。测序开始时前几个碱基无法测得，第一个adapter在数据输出时被去除；由于测序仪读长限制，第二个adapter通常无法测得。所以，经常得到类似 barcode--部分insert的read。最后，把barcode去除，只保留测度insert的片段，这个操作的术语是demultiplexing。但是有时候测序时会测穿，也就是说会得到barcode--insert的read--部分adapter，那么这里就包含了接头了，这里的接头也就是大家经常说去接头要去除的部分。

接头序列一般提供的比较稳定，是一个类似fasta的文件序列

1. cutadapt -a adapt2 -A adapt1_REV -m 20 --pair-filter=both -o out_fq1 -p out_fq2 fq1 fq2  

2. trimmomatic 去接头，处理reads (模式一：去除adapter  模式二： 去除adapter并且去除低质量序列）