内置函数主要分为三大类：
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输入输出：stdout, stderr,read_tsv
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信息获取类：defined, glob, basename, select_first
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变量操作：prefix, sub
WDL函数的目的主要在于粘合task，不要用于一般的数据处理操作（放在task中处理）
输入输出函数
对内容汇总，其基本功能也可通过command多行命令实现，但不利于协作开发，尤其是代码维护，可以强制输出文件的格式类型。
标准输出/报错获取
stdout()函数用于捕获command中命令生成的标准输出。
task demo_echo{
String a = "Hello world"
command{echo ${a}}
output{File demo = stdout()}
}
stderr()函数用于捕获command中命令生成的标准报错。
task demo_echo{
command{sm_cmd ...}
output{File demo = stderr()}
}
stderr比stdout更常用，更多用于捕获warning信息
文件输入输出
文件输入输出函数的主要作用是讲WDL中的数据传递成为文件，并将文件内容转化为WDL变量。通常与stdout联合使用。
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文件读入：read_tsv, read_json, read_lines... #文件转化为变量
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文件输出：write_tsv, write_lines... #变量转化为文件
基本格式：TSV
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tab分隔，类似R中的data.frame。
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tsv文件在wdl解析时，没有表头行（header），因此在scatter时需要进行特别处理。
基本格式：JSON
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结构化存储，key-value
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对于结构相对复杂的数据类型，如Map、Object，非常适合json输入输出
输入函数以read_json为例：将一个json文件转化为Object变量
# json file: person.json
{
"name":"John",
"age":42
}
# WDL read
workflow demo{
File json_file = "person.json"
Object p = read_json(json_file)
...
call record{
input:
name = p.name,
age = p.age
}
}
输出函数以write_tsv为例：将一个WDL的二维数组转化为一个文件（路径）作为参数
task write_record{
Array[Array[String]] my_table
command{
cat ${write_tsv(my_table)}
}
...
}
信息获取函数
与其他语言类似
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glob：获取某一类型文件，返回文件数组
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defined：判断变量是否被定义，返回布尔值True/False
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select_first：输入为数组，返回某个不为空的元素。很重要的函数！
WDL的空为NULL
变量操作函数
粘合task之间工作
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prefix：为数组变量加上前缀。对于同类型的多输入文件非常重要！
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sub：提供正则表达式功能（不建议在WDL中使用）
小结
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WDL内置函数集主要是针对流程串写而设置的，因此和一般语言略有不同
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可通过WDL内置函数进行文件与变量之间的转化
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除上述函数外，WDL还有十分丰富的功能函数，用户可根据需求使用
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